More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1991 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  100 
 
 		 377 aa  787    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  57.23 
 
 		 369 aa  430  1e-119  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  46.09 
 
 		 346 aa  348  8e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  42.86 
 
 		 353 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  39.5 
 
 		 378 aa  269  5e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  37.11 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  38.7 
 
 		 375 aa  255  7e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  37.53 
 
 		 365 aa  243  3e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  39.82 
 
 		 370 aa  243  5e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  36.59 
 
 		 369 aa  236  7e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  37.88 
 
 		 360 aa  223  6e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  36.2 
 
 		 362 aa  222  9e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  33.43 
 
 		 376 aa  221  9.999999999999999e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  31.65 
 
 		 360 aa  205  1e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.88 
 
 		 357 aa  194  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  30.96 
 
 		 348 aa  193  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 345 aa  192  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  31.21 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.77 
 
 		 349 aa  186  7e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  31.29 
 
 		 361 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 340 aa  177  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  30.72 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1119  periplasmic binding protein  29.73 
 
 		 382 aa  177  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000476149  hitchhiker  0.00000000000345093 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  29.38 
 
 		 346 aa  176  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  31.71 
 
 		 340 aa  176  7e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  28.84 
 
 		 393 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 372 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3219  twin-arginine translocation pathway signal  28.3 
 
 		 354 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  30.15 
 
 		 345 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  30.75 
 
 		 361 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.09 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  27.42 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  26.85 
 
 		 343 aa  140  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.58 
 
 		 343 aa  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1985  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  29.07 
 
 		 344 aa  126  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 344 aa  126  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0247  periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.779854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1947  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  28.05 
 
 		 340 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0791434 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  26.81 
 
 		 331 aa  115  8.999999999999998e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1541  periplasmic binding protein  25.16 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  24.65 
 
 		 345 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  28.53 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  25.14 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  23.04 
 
 		 348 aa  110  5e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  26.58 
 
 		 378 aa  107  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.88 
 
 		 374 aa  105  9e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  26.77 
 
 		 393 aa  103  7e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 334 aa  99.8  8e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  26.65 
 
 		 354 aa  99.4  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 354 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  24.9 
 
 		 360 aa  94  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 354 aa  93.2  8e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.53 
 
 		 360 aa  92.8  8e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1203  putative periplasmic iron siderophore binding protein of ABC transporter  30.98 
 
 		 347 aa  92.8  8e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  24.56 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  27.15 
 
 		 351 aa  90.5  5e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 351 aa  89.7  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  23.98 
 
 		 374 aa  88.6  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  31.62 
 
 		 358 aa  89.4  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  23.62 
 
 		 350 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  23.62 
 
 		 350 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 682 aa  87  5e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  30.21 
 
 		 358 aa  86.7  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  23.98 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  23.98 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  24.42 
 
 		 682 aa  84.7  0.000000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1493  periplasmic binding protein  24.93 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.277986  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  26.55 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 363 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  23.64 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  23.56 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  25.95 
 
 		 349 aa  83.6  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0343  periplasmic binding protein  26.55 
 
 		 373 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.52 
 
 		 309 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1534  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.1 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000374232  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 361 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0427  periplasmic binding protein  23.3 
 
 		 373 aa  79.7  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  22.88 
 
 		 378 aa  79.7  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1174  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  23.45 
 
 		 367 aa  79.3  0.00000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00124091  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0251  periplasmic binding protein  23.22 
 
 		 369 aa  79  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  24.21 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  25.08 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  24.02 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  23.54 
 
 		 375 aa  76.6  0.0000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  22.38 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  23.55 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>