273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3384 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  100 
 
 		 358 aa  736    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  94.4 
 
 		 358 aa  682    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  55.66 
 
 		 360 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  54.57 
 
 		 345 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  34.47 
 
 		 393 aa  177  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  33.54 
 
 		 349 aa  169  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  34.39 
 
 		 374 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  33.33 
 
 		 370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24730  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.31 
 
 		 386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  31.08 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0815  iron ABC transporter, solute-binding protein  30.99 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0530  periplasmic binding protein  33.75 
 
 		 342 aa  155  8e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.519305  normal  0.848906 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  29.75 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  29.62 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  29.75 
 
 		 351 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  30.94 
 
 		 344 aa  152  8.999999999999999e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1534  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.55 
 
 		 351 aa  149  6e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000374232  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2805  periplasmic binding protein  32.49 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000505659  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  30.72 
 
 		 361 aa  138  1e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  26.85 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  29.19 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  27.15 
 
 		 363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2264  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.41 
 
 		 362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0217447  normal  0.506008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2004  putative ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  29.18 
 
 		 354 aa  126  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00731234  normal  0.178178 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  27.51 
 
 		 351 aa  126  5e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.83 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  30.05 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  28.39 
 
 		 348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  37.37 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1544  periplasmic binding protein  25.77 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  35.05 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  27.27 
 
 		 362 aa  107  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  29.73 
 
 		 370 aa  106  5e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  28.31 
 
 		 378 aa  105  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  25.23 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  31.27 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39880  periplasmic solute-binding component of iron(III) ABC transporter  30.51 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  31.27 
 
 		 350 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  30.68 
 
 		 350 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  37.31 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  30.68 
 
 		 350 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  26.65 
 
 		 360 aa  103  5e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10530  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.99 
 
 		 376 aa  103  6e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  30.09 
 
 		 350 aa  103  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.21 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  29.31 
 
 		 378 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  30.62 
 
 		 345 aa  98.6  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  29.9 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  31.31 
 
 		 348 aa  97.4  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  31.06 
 
 		 354 aa  97.4  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 354 aa  97.1  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 376 aa  96.3  8e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  27.24 
 
 		 368 aa  95.9  9e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1479  iron(III) dicitrate-biding protein  25.07 
 
 		 360 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808536  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  29.87 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  29.1 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1119  periplasmic binding protein  26.84 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000476149  hitchhiker  0.00000000000345093 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.98 
 
 		 349 aa  94.4  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  26.48 
 
 		 346 aa  93.2  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  32.49 
 
 		 342 aa  93.2  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.5 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 393 aa  91.3  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 353 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 353 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  25 
 
 		 340 aa  89.7  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  31.62 
 
 		 377 aa  89.4  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  26.84 
 
 		 349 aa  88.2  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  31.15 
 
 		 369 aa  86.7  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  27.89 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  28.61 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  27.99 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 361 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  28.7 
 
 		 372 aa  83.6  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  25.68 
 
 		 344 aa  83.2  0.000000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  30.81 
 
 		 346 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  32.18 
 
 		 348 aa  82.8  0.000000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 682 aa  82.8  0.000000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 340 aa  82.4  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 351 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 682 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0493  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  28.39 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  26.33 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  23.95 
 
 		 327 aa  79.3  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  24.5 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  24.5 
 
 		 381 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  32.94 
 
 		 345 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0956  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.94277  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  32.34 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  32.34 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  27.79 
 
 		 376 aa  73.2  0.000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  24.14 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>