252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0247 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0247  periplasmic binding protein  100 
 
 
345 aa  699    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.779854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1947  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  49.12 
 
 
340 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0791434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  46.25 
 
 
353 aa  263  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  40.23 
 
 
350 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  42.68 
 
 
363 aa  249  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1985  periplasmic binding protein  41.02 
 
 
352 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  41.93 
 
 
349 aa  233  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  41.93 
 
 
349 aa  230  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  41.61 
 
 
345 aa  223  3e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  42.17 
 
 
346 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  41.82 
 
 
361 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  40.51 
 
 
343 aa  216  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  35.69 
 
 
366 aa  191  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  34.7 
 
 
378 aa  189  5e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3219  twin-arginine translocation pathway signal  36.84 
 
 
354 aa  169  9e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  33.14 
 
 
369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  31.06 
 
 
375 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  30.5 
 
 
365 aa  158  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  31.25 
 
 
370 aa  158  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  32.21 
 
 
340 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  29.78 
 
 
362 aa  156  4e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  31.14 
 
 
346 aa  155  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  31.42 
 
 
345 aa  152  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.14 
 
 
349 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  27.04 
 
 
376 aa  144  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  32.3 
 
 
369 aa  143  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  27.5 
 
 
393 aa  143  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.75 
 
 
357 aa  143  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  29.69 
 
 
360 aa  142  8e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  28.61 
 
 
377 aa  135  9e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  29.11 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  29.56 
 
 
346 aa  130  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  30.42 
 
 
353 aa  129  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  29.38 
 
 
372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  26.86 
 
 
348 aa  124  3e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  26.11 
 
 
340 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  25.95 
 
 
348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  31.13 
 
 
344 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  31.13 
 
 
344 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1119  periplasmic binding protein  23.68 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000476149  hitchhiker  0.00000000000345093 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  25.93 
 
 
331 aa  103  5e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.5 
 
 
342 aa  99.8  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1541  periplasmic binding protein  24.54 
 
 
324 aa  91.7  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  26.91 
 
 
368 aa  89.4  8e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  22.74 
 
 
343 aa  89.4  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  22.74 
 
 
352 aa  89  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  29.17 
 
 
349 aa  85.9  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  25.74 
 
 
345 aa  77  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  24.62 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  23.58 
 
 
397 aa  74.7  0.000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  22.36 
 
 
334 aa  71.6  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  26.02 
 
 
361 aa  71.2  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0495  periplasmic binding protein  28.22 
 
 
372 aa  69.7  0.00000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0117562  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  21.05 
 
 
333 aa  67.8  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  20.08 
 
 
370 aa  67.8  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1354  periplasmic binding protein  27.99 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0251  periplasmic binding protein  27.65 
 
 
369 aa  67.8  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  25.19 
 
 
374 aa  67.8  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  26.62 
 
 
375 aa  67.4  0.0000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  26.25 
 
 
345 aa  67  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
354 aa  66.6  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  20.41 
 
 
378 aa  66.2  0.0000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  24.07 
 
 
381 aa  66.2  0.0000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  25.52 
 
 
377 aa  65.9  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  27.85 
 
 
354 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  32.2 
 
 
376 aa  65.9  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  26.36 
 
 
383 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  23.83 
 
 
374 aa  63.5  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  28.39 
 
 
360 aa  63.5  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  25.97 
 
 
386 aa  63.5  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.79 
 
 
315 aa  63.5  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  26.55 
 
 
406 aa  62.8  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.14 
 
 
315 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  27.85 
 
 
377 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.54 
 
 
393 aa  61.6  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  25.86 
 
 
349 aa  61.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  25.94 
 
 
689 aa  61.6  0.00000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  26.58 
 
 
378 aa  61.6  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  27.91 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1494  periplasmic binding protein  26.12 
 
 
374 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00826016  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0411  periplasmic binding protein  26.12 
 
 
374 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  24.77 
 
 
360 aa  60.5  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0496  periplasmic binding protein  24.26 
 
 
372 aa  60.1  0.00000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.296202  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  26.03 
 
 
688 aa  60.1  0.00000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0343  periplasmic binding protein  25.76 
 
 
373 aa  59.7  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  25 
 
 
360 aa  59.3  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3056  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.38 
 
 
369 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  22.95 
 
 
344 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  26.67 
 
 
293 aa  58.9  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  25.48 
 
 
358 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0425  periplasmic binding protein  27.69 
 
 
365 aa  57.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.264248  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0427  periplasmic binding protein  26.98 
 
 
373 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  25.51 
 
 
409 aa  58.2  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  26.47 
 
 
384 aa  57.8  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  23.29 
 
 
361 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  26.44 
 
 
370 aa  57.4  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  24.02 
 
 
350 aa  57.4  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  23.08 
 
 
293 aa  57.4  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.39 
 
 
483 aa  57  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  23.97 
 
 
353 aa  57  0.0000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>