293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0866 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  100 
 
 
343 aa  668    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  50.89 
 
 
350 aa  319  5e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1985  periplasmic binding protein  51.79 
 
 
352 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  50.15 
 
 
363 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  51.13 
 
 
346 aa  288  7e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  49.36 
 
 
361 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  48.73 
 
 
349 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  49.83 
 
 
349 aa  260  2e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  49.17 
 
 
345 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  44.2 
 
 
353 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3219  twin-arginine translocation pathway signal  41.62 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  34.78 
 
 
366 aa  208  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  35.42 
 
 
378 aa  205  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0247  periplasmic binding protein  38.37 
 
 
345 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.779854  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  33.74 
 
 
375 aa  195  9e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  34.46 
 
 
360 aa  191  2e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  35.29 
 
 
362 aa  190  4e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  34.1 
 
 
348 aa  188  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  35.8 
 
 
360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.76 
 
 
349 aa  182  6e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  33 
 
 
393 aa  182  7e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  38.41 
 
 
357 aa  182  7e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  30 
 
 
376 aa  180  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1947  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  33.82 
 
 
340 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0791434 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
369 aa  172  1e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  31.32 
 
 
346 aa  170  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  34.89 
 
 
345 aa  169  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  32.4 
 
 
340 aa  166  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  30.22 
 
 
365 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  30.53 
 
 
370 aa  164  3e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  33.12 
 
 
372 aa  161  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1119  periplasmic binding protein  29.59 
 
 
382 aa  155  9e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000476149  hitchhiker  0.00000000000345093 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  31.87 
 
 
340 aa  154  2e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  29.75 
 
 
348 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
346 aa  152  7e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  33.75 
 
 
342 aa  149  9e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  34.23 
 
 
344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  34.23 
 
 
344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  26.67 
 
 
377 aa  140  3e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1541  periplasmic binding protein  27.55 
 
 
324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.72 
 
 
343 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  30.63 
 
 
352 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  28.17 
 
 
369 aa  135  9e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  29.8 
 
 
353 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  29.17 
 
 
331 aa  124  2e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  28.96 
 
 
368 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  29.34 
 
 
378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  25.37 
 
 
334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  27.91 
 
 
345 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  27.51 
 
 
348 aa  106  5e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  32.35 
 
 
354 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  32.35 
 
 
354 aa  104  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  30.95 
 
 
349 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  27.41 
 
 
353 aa  99.8  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  28.86 
 
 
361 aa  97.1  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.75 
 
 
370 aa  96.7  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  30.52 
 
 
349 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.62 
 
 
309 aa  94.7  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  29.01 
 
 
350 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2329  periplasmic binding protein  29.67 
 
 
384 aa  94  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  25.71 
 
 
344 aa  92.8  7e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2328  periplasmic binding protein  30.15 
 
 
384 aa  92.8  7e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  29.28 
 
 
375 aa  92  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  27.86 
 
 
350 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  29.06 
 
 
351 aa  90.1  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  26.65 
 
 
374 aa  89  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  27.86 
 
 
350 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  27.86 
 
 
350 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  27.86 
 
 
350 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  30.79 
 
 
354 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  26.7 
 
 
362 aa  86.7  6e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  28.19 
 
 
353 aa  85.9  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  27.38 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  26.76 
 
 
361 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  28.09 
 
 
358 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1657  periplasmic binding protein  29.27 
 
 
367 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0487788  normal  0.142539 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  26.47 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  28.79 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  28.7 
 
 
358 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  27.33 
 
 
375 aa  80.5  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  29.07 
 
 
360 aa  80.5  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.27 
 
 
483 aa  79.7  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0248  periplasmic binding protein  25.89 
 
 
375 aa  79.7  0.00000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0774691  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.76 
 
 
372 aa  79  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  29.21 
 
 
360 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0493  periplasmic binding protein  29.87 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0327  hypothetical protein  24.7 
 
 
381 aa  77  0.0000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  23.74 
 
 
397 aa  76.3  0.0000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1479  iron(III) dicitrate-biding protein  24.43 
 
 
360 aa  75.9  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808536  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3056  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.33 
 
 
369 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.12 
 
 
478 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  26.23 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  23.65 
 
 
353 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2004  putative ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  28.06 
 
 
354 aa  73.9  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00731234  normal  0.178178 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  27.72 
 
 
374 aa  73.9  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0427  periplasmic binding protein  26.27 
 
 
373 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1091  hypothetical protein  27.64 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1869  iron(III) dicitrate-binding protein  27.79 
 
 
401 aa  73.6  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.444655  normal  0.203849 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2805  periplasmic binding protein  27.53 
 
 
344 aa  72.8  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000505659  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  23.92 
 
 
429 aa  72.4  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>