More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3219 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3219  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 354 aa  676    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  48.09 
 
 		 363 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  50.64 
 
 		 346 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  48.59 
 
 		 349 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  46.33 
 
 		 361 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  47.65 
 
 		 349 aa  258  7e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  47.25 
 
 		 345 aa  246  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  41.96 
 
 		 343 aa  227  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  37.04 
 
 		 375 aa  225  9e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 378 aa  208  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  38.99 
 
 		 350 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  33.54 
 
 		 366 aa  206  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  40.27 
 
 		 353 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1985  periplasmic binding protein  35.86 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  33.04 
 
 		 360 aa  179  8e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1119  periplasmic binding protein  33.53 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000476149  hitchhiker  0.00000000000345093 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  31.36 
 
 		 369 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0247  periplasmic binding protein  37.27 
 
 		 345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.779854  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  32.91 
 
 		 348 aa  162  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1947  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  35.55 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0791434 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 377 aa  160  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.6 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 376 aa  157  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  32.81 
 
 		 340 aa  155  9e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  28.75 
 
 		 365 aa  153  5e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  28.79 
 
 		 362 aa  153  5e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 345 aa  151  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  29.51 
 
 		 370 aa  149  9e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  28.98 
 
 		 369 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 393 aa  147  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  27.74 
 
 		 346 aa  144  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.23 
 
 		 357 aa  143  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 348 aa  136  5e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  31.84 
 
 		 353 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  27 
 
 		 346 aa  133  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  33.23 
 
 		 342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1541  periplasmic binding protein  26.9 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  28 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  27.71 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  24.84 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  28.36 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  28.36 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  32.14 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  32.14 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 345 aa  96.3  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  27.18 
 
 		 334 aa  90.1  5e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 354 aa  90.1  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 354 aa  86.7  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 348 aa  86.7  6e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  28.44 
 
 		 358 aa  84  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  29.61 
 
 		 350 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 353 aa  82  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  22.84 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0759  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00294843  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  31.22 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 350 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.09 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  26.32 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  30.13 
 
 		 361 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  25.41 
 
 		 361 aa  77  0.0000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  24.33 
 
 		 350 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  24.33 
 
 		 350 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  30.03 
 
 		 349 aa  75.9  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 353 aa  75.9  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  29.65 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 375 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.04 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  23.1 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  20.31 
 
 		 378 aa  73.6  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  29.92 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 689 aa  73.2  0.000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  30.41 
 
 		 358 aa  72.8  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 688 aa  72  0.00000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  32.26 
 
 		 296 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 409 aa  71.6  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0248  periplasmic binding protein  24.92 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0774691  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 378 aa  70.9  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 375 aa  70.5  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2264  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  24.62 
 
 		 362 aa  70.1  0.00000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0217447  normal  0.506008 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2329  periplasmic binding protein  29.05 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  22.14 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1657  periplasmic binding protein  25.61 
 
 		 367 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0487788  normal  0.142539 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  27.23 
 
 		 358 aa  69.7  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0494  periplasmic binding protein  24.47 
 
 		 390 aa  69.3  0.00000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0203786  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 348 aa  69.3  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 370 aa  69.3  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1466  periplasmic binding protein  28.51 
 
 		 369 aa  68.2  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0440112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  24.48 
 
 		 349 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.13 
 
 		 483 aa  68.6  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0836  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00603144  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  26.38 
 
 		 376 aa  68.2  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0343  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 373 aa  67  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  25.19 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  27.71 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  25 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>