More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2097 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  100 
 
 		 376 aa  768    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  41.82 
 
 		 375 aa  306  3e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  41.4 
 
 		 378 aa  306  4.0000000000000004e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  40.65 
 
 		 366 aa  303  5.000000000000001e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  35.69 
 
 		 365 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  35.98 
 
 		 348 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  32.36 
 
 		 369 aa  233  5e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  34.87 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  36.2 
 
 		 345 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  33.43 
 
 		 377 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1119  periplasmic binding protein  33.42 
 
 		 382 aa  221  9.999999999999999e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000476149  hitchhiker  0.00000000000345093 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  34.17 
 
 		 370 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  34.65 
 
 		 363 aa  216  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  31.96 
 
 		 346 aa  212  7e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 393 aa  211  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  31.61 
 
 		 369 aa  210  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  32.08 
 
 		 360 aa  207  2e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  32.87 
 
 		 346 aa  206  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  33.42 
 
 		 360 aa  206  5e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  33.54 
 
 		 353 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  30.73 
 
 		 350 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.4 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  32.83 
 
 		 340 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.37 
 
 		 357 aa  194  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  31.19 
 
 		 346 aa  192  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  29.75 
 
 		 361 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  33.61 
 
 		 348 aa  184  3e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  31.38 
 
 		 372 aa  182  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  30.58 
 
 		 343 aa  180  4e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  31 
 
 		 349 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  30.7 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  30.63 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  29.91 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  31.31 
 
 		 345 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1985  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 352 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  28.18 
 
 		 352 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.61 
 
 		 343 aa  164  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  30.32 
 
 		 344 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.32 
 
 		 344 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1541  periplasmic binding protein  30.17 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  29.79 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  28.57 
 
 		 368 aa  150  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3219  twin-arginine translocation pathway signal  27.99 
 
 		 354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  27.96 
 
 		 348 aa  145  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.83 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  29.43 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  29.01 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 345 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  28.12 
 
 		 378 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0247  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.779854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1947  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  25.47 
 
 		 340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0791434 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  28.31 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  30.7 
 
 		 348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  28.53 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  26.56 
 
 		 351 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  28.15 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  26.65 
 
 		 393 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  29.97 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  28.29 
 
 		 374 aa  113  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 375 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  21.67 
 
 		 361 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  27.76 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 378 aa  109  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  26.08 
 
 		 363 aa  107  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  27.96 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1493  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.277986  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  27.75 
 
 		 362 aa  103  7e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  24.48 
 
 		 360 aa  101  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1868  iron(III) dicitrate-binding protein  27.05 
 
 		 401 aa  99.8  6e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.311818 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  26.06 
 
 		 374 aa  98.6  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.85 
 
 		 372 aa  97.8  3e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1657  periplasmic binding protein  30.85 
 
 		 367 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0487788  normal  0.142539 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 358 aa  96.3  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1870  iron(III) dicitrate-binding protein  26.34 
 
 		 403 aa  95.9  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.874813  normal  0.198975 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0494  periplasmic binding protein  26.28 
 
 		 390 aa  95.5  1e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0203786  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  24.55 
 
 		 397 aa  94.7  2e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1869  iron(III) dicitrate-binding protein  27.22 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.444655  normal  0.203849 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  25 
 
 		 351 aa  93.6  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  25.67 
 
 		 337 aa  92.4  1e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0427  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 345 aa  90.9  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  25.55 
 
 		 351 aa  90.9  4e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 358 aa  90.9  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0815  iron ABC transporter, solute-binding protein  28.7 
 
 		 337 aa  90.1  5e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0497  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 377 aa  89.4  1e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.292133  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  24.62 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0496  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 372 aa  88.2  2e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.296202  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  25.44 
 
 		 341 aa  86.7  6e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2073  periplasmic binding protein  21.47 
 
 		 343 aa  86.7  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  22.97 
 
 		 354 aa  86.3  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  23.18 
 
 		 354 aa  86.3  8e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  23.54 
 
 		 389 aa  86.3  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  23.54 
 
 		 389 aa  86.3  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0410  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 373 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.579049  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0956  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.94277  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  24.1 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  23.82 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  23.6 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>