273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2480 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  100 
 
 		 350 aa  693    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1985  periplasmic binding protein  77.43 
 
 		 352 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  52.2 
 
 		 343 aa  316  3e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  49.69 
 
 		 363 aa  315  6e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  48.92 
 
 		 349 aa  291  8e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  48.26 
 
 		 346 aa  286  4e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  48.3 
 
 		 349 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  48.58 
 
 		 361 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  48.75 
 
 		 345 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  42.55 
 
 		 353 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0247  periplasmic binding protein  40.23 
 
 		 345 aa  225  7e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.779854  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  36.14 
 
 		 378 aa  220  3e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  33.99 
 
 		 366 aa  217  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  35.89 
 
 		 375 aa  215  8e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3219  twin-arginine translocation pathway signal  38.99 
 
 		 354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.47 
 
 		 357 aa  199  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  30.73 
 
 		 376 aa  199  7.999999999999999e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1947  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  37.05 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0791434 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  33.54 
 
 		 362 aa  192  5e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  36.53 
 
 		 340 aa  192  6e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  35.16 
 
 		 345 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  34.12 
 
 		 369 aa  182  6e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  34.38 
 
 		 349 aa  178  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  32 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  30.84 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  33.75 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  30.72 
 
 		 393 aa  172  9e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  34.63 
 
 		 344 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  34.63 
 
 		 344 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  28.57 
 
 		 365 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  29.66 
 
 		 370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  30.49 
 
 		 340 aa  161  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  33.91 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  31.14 
 
 		 372 aa  156  5.0000000000000005e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  28.32 
 
 		 348 aa  153  5e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  29.46 
 
 		 369 aa  149  9e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  29.75 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  25.22 
 
 		 343 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  25.22 
 
 		 352 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1119  periplasmic binding protein  26.63 
 
 		 382 aa  137  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000476149  hitchhiker  0.00000000000345093 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  28.53 
 
 		 346 aa  134  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 377 aa  134  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1541  periplasmic binding protein  27.87 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.09 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  28.35 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  29.33 
 
 		 374 aa  109  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  25.73 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  29.51 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.45 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  26.98 
 
 		 378 aa  99  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  29.33 
 
 		 350 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  28.17 
 
 		 354 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  24.37 
 
 		 334 aa  90.5  4e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 350 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 375 aa  89.4  8e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 362 aa  89.4  8e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 351 aa  89.4  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  29.03 
 
 		 350 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  29.03 
 
 		 350 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  25.71 
 
 		 368 aa  88.2  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  26.46 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 381 aa  87.4  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 375 aa  86.7  6e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 354 aa  85.9  9e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 375 aa  85.1  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  26.1 
 
 		 361 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.44 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 349 aa  79.3  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1174  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  23.61 
 
 		 367 aa  79.3  0.00000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00124091  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0343  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  27.78 
 
 		 344 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  25.43 
 
 		 351 aa  79  0.0000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  23.88 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  23.99 
 
 		 361 aa  78.2  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0327  hypothetical protein  24.51 
 
 		 381 aa  76.6  0.0000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.28 
 
 		 393 aa  76.6  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 358 aa  76.6  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  24.15 
 
 		 353 aa  76.3  0.0000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  24.09 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  27.99 
 
 		 688 aa  75.9  0.0000000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1657  periplasmic binding protein  26.1 
 
 		 367 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0487788  normal  0.142539 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0998  iron ABC transporter, solute-binding protein  27.33 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.3 
 
 		 478 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0815  iron ABC transporter, solute-binding protein  27.09 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.73 
 
 		 483 aa  74.7  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  24.79 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 689 aa  73.2  0.000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1493  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 386 aa  72  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.277986  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  24.25 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0427  periplasmic binding protein  26.22 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  25.46 
 
 		 358 aa  71.2  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>