251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0956 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0956  periplasmic binding protein  100 
 
 		 343 aa  696    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.94277  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2073  periplasmic binding protein  84.21 
 
 		 343 aa  593  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  41.99 
 
 		 353 aa  291  8e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  40.45 
 
 		 363 aa  277  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  42.9 
 
 		 351 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1544  periplasmic binding protein  37.34 
 
 		 360 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  27.6 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  31.14 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.38 
 
 		 372 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  28.12 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1534  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.7 
 
 		 351 aa  117  3e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000374232  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  32.62 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.23 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  29.01 
 
 		 351 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  27.78 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  29.79 
 
 		 393 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24730  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.95 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.08 
 
 		 374 aa  106  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1657  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 367 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0487788  normal  0.142539 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 334 aa  105  9e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  25 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 361 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2264  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.08 
 
 		 362 aa  103  5e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0217447  normal  0.506008 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 345 aa  102  8e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.58 
 
 		 349 aa  102  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  25.24 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0815  iron ABC transporter, solute-binding protein  24.78 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2805  periplasmic binding protein  30.22 
 
 		 344 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000505659  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1479  iron(III) dicitrate-biding protein  26.49 
 
 		 360 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808536  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  28.49 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  25.81 
 
 		 348 aa  96.7  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  24.19 
 
 		 362 aa  95.1  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 346 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  23.4 
 
 		 340 aa  94  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0530  periplasmic binding protein  30.31 
 
 		 342 aa  93.2  7e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.519305  normal  0.848906 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  25.36 
 
 		 375 aa  92.4  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 360 aa  89.4  8e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  23.39 
 
 		 378 aa  87.8  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  21.92 
 
 		 397 aa  88.6  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  26.28 
 
 		 348 aa  85.9  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  23.98 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39880  periplasmic solute-binding component of iron(III) ABC transporter  27.05 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2004  putative ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  35.82 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00731234  normal  0.178178 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  22.29 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  29.03 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  24.6 
 
 		 348 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  23.15 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  23.91 
 
 		 333 aa  81.3  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  24.17 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  22.55 
 
 		 365 aa  80.9  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  23.82 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10530  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.43 
 
 		 376 aa  80.9  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1157  periplasmic binding protein  40.78 
 
 		 104 aa  80.5  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1466  periplasmic binding protein  24.46 
 
 		 369 aa  79.7  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0440112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.25 
 
 		 357 aa  79.7  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  25.43 
 
 		 372 aa  79.7  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  28 
 
 		 361 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1869  iron(III) dicitrate-binding protein  24.25 
 
 		 401 aa  79.3  0.00000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.444655  normal  0.203849 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  28.87 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  23.82 
 
 		 378 aa  79  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1174  iron ABC transporter periplasmic-binding protein  26.96 
 
 		 367 aa  78.2  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00124091  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  28.18 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  25.23 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1868  iron(III) dicitrate-binding protein  23.87 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.311818 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  27.08 
 
 		 354 aa  76.6  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 381 aa  76.3  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  26.87 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 358 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  23.41 
 
 		 344 aa  75.5  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  23.15 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1823  periplasmic binding protein  24.93 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.717749  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  24.08 
 
 		 386 aa  74.3  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  23.1 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  23.24 
 
 		 393 aa  73.9  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  23.56 
 
 		 371 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1870  iron(III) dicitrate-binding protein  22.46 
 
 		 403 aa  73.2  0.000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.874813  normal  0.198975 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1176  ABC transporter, solute-binding protein  24.27 
 
 		 408 aa  72.8  0.000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  24.26 
 
 		 360 aa  72.4  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1047  Fe3+-hydroxamate binding protein  21.56 
 
 		 370 aa  71.2  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.271921  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1354  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  23.39 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1091  hypothetical protein  23.03 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0251  periplasmic binding protein  23.99 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  23.51 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  23.65 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  24.85 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  28.89 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  25.58 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2395  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.19 
 
 		 408 aa  67  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  25.58 
 
 		 350 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  25.58 
 
 		 350 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>