More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2074 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  100 
 
 
340 aa  691    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  59.24 
 
 
372 aa  411  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  52.68 
 
 
346 aa  379  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  42.86 
 
 
348 aa  295  9e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  43.71 
 
 
349 aa  277  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  41.69 
 
 
345 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  40.83 
 
 
357 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2069  periplasmic binding protein  35.22 
 
 
340 aa  242  7e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  38.11 
 
 
360 aa  227  3e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  33.96 
 
 
352 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  33.96 
 
 
343 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  35.91 
 
 
342 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  35.06 
 
 
366 aa  217  2.9999999999999998e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  36.69 
 
 
363 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  40.75 
 
 
344 aa  211  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0603  periplasmic binding protein  35.08 
 
 
348 aa  211  2e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  40.75 
 
 
344 aa  211  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  35.38 
 
 
375 aa  209  4e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  33.85 
 
 
378 aa  209  8e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  34.77 
 
 
360 aa  207  2e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1541  periplasmic binding protein  35.28 
 
 
324 aa  203  4e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  34.67 
 
 
362 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  34.36 
 
 
369 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  37.22 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  32.83 
 
 
376 aa  196  7e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  34.52 
 
 
353 aa  195  8.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  36.36 
 
 
349 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  31.55 
 
 
370 aa  194  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  36.36 
 
 
350 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  37.22 
 
 
361 aa  192  5e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  32.41 
 
 
365 aa  189  4e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  35.76 
 
 
349 aa  189  8e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1985  periplasmic binding protein  33.24 
 
 
352 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  35.91 
 
 
345 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  32.21 
 
 
346 aa  179  8e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  31.48 
 
 
369 aa  178  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  28.96 
 
 
377 aa  177  2e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  34.88 
 
 
345 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  33.55 
 
 
353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0278  periplasmic binding family protein  32.26 
 
 
331 aa  168  1e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.429982  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0866  periplasmic binding protein  32.4 
 
 
343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3219  twin-arginine translocation pathway signal  32.81 
 
 
354 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0247  periplasmic binding protein  32.09 
 
 
345 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.779854  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1119  periplasmic binding protein  28.7 
 
 
382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000476149  hitchhiker  0.00000000000345093 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4265  periplasmic binding protein  28.31 
 
 
393 aa  139  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1947  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron(III)-binding protein  30.38 
 
 
340 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0791434 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  26.67 
 
 
348 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  28.09 
 
 
370 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  28.29 
 
 
361 aa  114  3e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  27.35 
 
 
345 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  27.22 
 
 
360 aa  106  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  26.42 
 
 
354 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  24.7 
 
 
378 aa  103  5e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  29.32 
 
 
361 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  27.04 
 
 
368 aa  100  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  27.54 
 
 
349 aa  99  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  25.34 
 
 
353 aa  97.8  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  25.71 
 
 
354 aa  97.8  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  25.84 
 
 
354 aa  95.9  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  25.29 
 
 
374 aa  94.7  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  25.22 
 
 
351 aa  93.6  5e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.53 
 
 
372 aa  93.2  6e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  26.21 
 
 
350 aa  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  27.75 
 
 
344 aa  89.4  8e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  24.32 
 
 
393 aa  88.6  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  25.61 
 
 
358 aa  89  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  25 
 
 
358 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  26.04 
 
 
334 aa  87  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1534  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.64 
 
 
351 aa  85.1  0.000000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000374232  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  25.66 
 
 
337 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  23.81 
 
 
351 aa  84.3  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  25.21 
 
 
351 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  25.3 
 
 
397 aa  82.8  0.000000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  26.52 
 
 
349 aa  82.8  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  24.63 
 
 
350 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  24.63 
 
 
350 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  23.74 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  25.67 
 
 
348 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  25.3 
 
 
375 aa  80.9  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  26.51 
 
 
353 aa  80.9  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  25.66 
 
 
353 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2805  periplasmic binding protein  25.93 
 
 
344 aa  80.1  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000505659  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  24.33 
 
 
350 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0815  iron ABC transporter, solute-binding protein  22.49 
 
 
337 aa  79  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  26.52 
 
 
375 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  25.22 
 
 
375 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  23.77 
 
 
362 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  24.72 
 
 
341 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0956  periplasmic binding protein  25.91 
 
 
343 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.94277  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  22.19 
 
 
363 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  24.33 
 
 
350 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1657  periplasmic binding protein  24 
 
 
367 aa  76.6  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0487788  normal  0.142539 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  27.32 
 
 
337 aa  76.6  0.0000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  22.46 
 
 
360 aa  75.1  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2073  periplasmic binding protein  24.64 
 
 
343 aa  75.9  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  22.7 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  22.41 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  23.34 
 
 
682 aa  72.8  0.000000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  25 
 
 
682 aa  72  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.07 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>