More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3033 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  100 
 
 		 345 aa  700    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  60.99 
 
 		 360 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  55.52 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  54.57 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  34.64 
 
 		 337 aa  180  4e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  34.82 
 
 		 393 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  33.99 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  32.19 
 
 		 344 aa  169  9e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  30.03 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24730  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.97 
 
 		 386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  29.38 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  32.31 
 
 		 361 aa  160  4e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0530  periplasmic binding protein  33.86 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.519305  normal  0.848906 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  31.01 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1534  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.14 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000374232  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  31.72 
 
 		 374 aa  150  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2805  periplasmic binding protein  34.03 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000505659  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  28.66 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0815  iron ABC transporter, solute-binding protein  28.89 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.96 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  30.46 
 
 		 370 aa  144  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  28.82 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.9 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  27.81 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 353 aa  129  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2004  putative ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  30 
 
 		 354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00731234  normal  0.178178 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2264  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.04 
 
 		 362 aa  125  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0217447  normal  0.506008 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  26.56 
 
 		 348 aa  119  9e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  29.43 
 
 		 346 aa  116  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  28.88 
 
 		 362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  29.2 
 
 		 366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  30.46 
 
 		 345 aa  113  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  27.25 
 
 		 350 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.41 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  28.15 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  26.25 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  30.03 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1544  periplasmic binding protein  24.38 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 340 aa  106  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10530  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.07 
 
 		 376 aa  106  8e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  27.93 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  32.26 
 
 		 361 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  29.21 
 
 		 370 aa  103  6e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39880  periplasmic solute-binding component of iron(III) ABC transporter  31.6 
 
 		 357 aa  103  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 350 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  27.57 
 
 		 353 aa  103  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  30.5 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  26.19 
 
 		 360 aa  102  9e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  25.25 
 
 		 334 aa  102  9e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0493  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1479  iron(III) dicitrate-biding protein  26.82 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808536  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 349 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  32.17 
 
 		 682 aa  101  2e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  32.17 
 
 		 682 aa  101  2e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0956  periplasmic binding protein  28.49 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.94277  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  26.42 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  26.99 
 
 		 354 aa  97.4  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  25.23 
 
 		 397 aa  97.1  4e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2073  periplasmic binding protein  27.6 
 
 		 343 aa  96.7  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.86 
 
 		 349 aa  95.1  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  27.83 
 
 		 363 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  24.34 
 
 		 372 aa  92.8  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 377 aa  91.7  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 376 aa  90.9  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  31.03 
 
 		 346 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  30 
 
 		 369 aa  89.4  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.56 
 
 		 483 aa  89  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  27.27 
 
 		 368 aa  87.4  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  25.32 
 
 		 378 aa  86.7  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  28.89 
 
 		 361 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  27.55 
 
 		 353 aa  82.4  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  23.01 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0836  periplasmic binding protein  27.47 
 
 		 397 aa  82  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00603144  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  28.04 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.47 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  28.79 
 
 		 349 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  24.84 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  26.75 
 
 		 478 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  22.41 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  22.41 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 429 aa  75.9  0.000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 346 aa  74.7  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3219  twin-arginine translocation pathway signal  26.69 
 
 		 354 aa  74.3  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1203  putative periplasmic iron siderophore binding protein of ABC transporter  23.08 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  27.02 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  24.07 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>