85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0087 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  100 
 
 		 272 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  66.15 
 
 		 279 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  66.02 
 
 		 299 aa  333  1e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  65.2 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  64.17 
 
 		 269 aa  322  5e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  67.19 
 
 		 279 aa  308  9e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  57.72 
 
 		 295 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  57.51 
 
 		 310 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  59.36 
 
 		 288 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  56.52 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  39.64 
 
 		 290 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 271 aa  152  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  37.6 
 
 		 285 aa  135  8e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  32.55 
 
 		 277 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  36.29 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.91 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  32.94 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  32.24 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  34.22 
 
 		 278 aa  122  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  32.13 
 
 		 277 aa  122  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  31.85 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  35 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  31.85 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  32.41 
 
 		 285 aa  119  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  35.57 
 
 		 278 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  34.07 
 
 		 286 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  33.48 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  34.85 
 
 		 317 aa  105  9e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  32.2 
 
 		 314 aa  94  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  30.83 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  30.93 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  31.96 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  31.71 
 
 		 362 aa  67  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  32.08 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.11 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  29.05 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  32.37 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  30.84 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  29.41 
 
 		 304 aa  55.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 322 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  23.39 
 
 		 304 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  24.54 
 
 		 333 aa  53.9  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27 
 
 		 351 aa  54.3  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  24.64 
 
 		 319 aa  54.3  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  23.55 
 
 		 284 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  27.15 
 
 		 290 aa  53.5  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 327 aa  53.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  34.15 
 
 		 360 aa  52  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.02 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 276 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  27.19 
 
 		 263 aa  51.2  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  32.41 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  22.81 
 
 		 335 aa  50.4  0.00003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.75 
 
 		 354 aa  50.1  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.75 
 
 		 305 aa  49.3  0.00006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  23.42 
 
 		 367 aa  48.5  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  29.58 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 263 aa  47  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  29.35 
 
 		 270 aa  47.4  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 406 aa  47.4  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  29.58 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  22.75 
 
 		 305 aa  46.6  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  24.9 
 
 		 335 aa  46.2  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 296 aa  46.2  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.02 
 
 		 318 aa  45.8  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.39 
 
 		 341 aa  45.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  23.29 
 
 		 400 aa  45.1  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 252 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28 
 
 		 270 aa  45.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  27.6 
 
 		 302 aa  44.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  24.78 
 
 		 317 aa  44.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 289 aa  43.9  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.6 
 
 		 309 aa  43.5  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  29.38 
 
 		 373 aa  43.5  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  28.57 
 
 		 312 aa  43.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  25.45 
 
 		 335 aa  43.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  26.82 
 
 		 294 aa  43.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  27.14 
 
 		 338 aa  42.7  0.006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 309 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  21.81 
 
 		 338 aa  42.4  0.008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  25 
 
 		 378 aa  42.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  21.69 
 
 		 338 aa  42  0.01  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  21.69 
 
 		 338 aa  42  0.01  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>