141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0489 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  100 
 
 		 314 aa  594  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  46.76 
 
 		 286 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  50.57 
 
 		 286 aa  218  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  50.19 
 
 		 286 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  47.04 
 
 		 278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  47.35 
 
 		 272 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  45.16 
 
 		 279 aa  199  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  44.8 
 
 		 279 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  47.81 
 
 		 279 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  40 
 
 		 285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  38.17 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  37.4 
 
 		 277 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  33.83 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  37.02 
 
 		 281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  36.92 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  32 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  34.6 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  35.96 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  36.61 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  35.13 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  34.32 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  35.38 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  31.8 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  37.35 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  33.97 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 269 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 271 aa  109  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  32.18 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 279 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  31.12 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  33.5 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  25 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  25.5 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  23.36 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 377 aa  72.8  0.000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.34 
 
 		 270 aa  72  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  28.47 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  31.21 
 
 		 400 aa  69.3  0.00000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 406 aa  68.9  0.0000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  25.5 
 
 		 337 aa  67  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.04 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.21 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  29.13 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 391 aa  63.9  0.000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  34.87 
 
 		 353 aa  63.2  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 276 aa  62.4  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.04 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.93 
 
 		 483 aa  59.7  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  25.85 
 
 		 367 aa  59.3  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  23.76 
 
 		 379 aa  59.3  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 322 aa  58.9  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 339 aa  57.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  22.71 
 
 		 354 aa  57  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0535  periplasmic binding protein  20.39 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  26.36 
 
 		 478 aa  55.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.38 
 
 		 336 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1285  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 346 aa  54.3  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  29.21 
 
 		 356 aa  53.9  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  30.48 
 
 		 375 aa  53.9  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  29.73 
 
 		 300 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  29.21 
 
 		 517 aa  53.9  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  29.22 
 
 		 299 aa  53.5  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  25.11 
 
 		 361 aa  52.8  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  28.77 
 
 		 297 aa  52.4  0.000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  24.62 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  25.47 
 
 		 333 aa  51.2  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  25.11 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  22.91 
 
 		 369 aa  51.6  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.83 
 
 		 339 aa  50.8  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 334 aa  50.4  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 372 aa  50.8  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 338 aa  50.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  24.85 
 
 		 292 aa  50.4  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.54 
 
 		 353 aa  50.1  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 322 aa  50.1  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  29.22 
 
 		 299 aa  49.3  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  27 
 
 		 404 aa  49.3  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  28.24 
 
 		 370 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  31.78 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  28.82 
 
 		 380 aa  48.1  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 274 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  25 
 
 		 363 aa  47.4  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  34.65 
 
 		 375 aa  47.4  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  29.94 
 
 		 375 aa  47.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  22.27 
 
 		 320 aa  47.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  29.11 
 
 		 312 aa  47  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  27.47 
 
 		 297 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 375 aa  47  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 311 aa  47  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  25 
 
 		 309 aa  46.2  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0297  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 323 aa  46.6  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2464  periplasmic binding protein  30.37 
 
 		 351 aa  46.6  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>