131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2371 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  100 
 
 		 310 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  76.07 
 
 		 295 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  67.54 
 
 		 288 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  65.57 
 
 		 296 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  59.45 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  59.13 
 
 		 269 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  61.39 
 
 		 279 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  56.44 
 
 		 299 aa  296  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  59.13 
 
 		 279 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  60.56 
 
 		 272 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  34.35 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  33.67 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  34.32 
 
 		 277 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 277 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  40.68 
 
 		 285 aa  138  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  34.88 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  35.17 
 
 		 271 aa  135  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.09 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.09 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  32.94 
 
 		 281 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  31.42 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  30.86 
 
 		 286 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  30.47 
 
 		 286 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  34.15 
 
 		 278 aa  122  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  31.71 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  31.45 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  33.05 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  31.78 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  30.73 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  28.64 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  25.13 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 352 aa  65.5  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  24.39 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  25.74 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  23.83 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  25.61 
 
 		 362 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.07 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  23.62 
 
 		 294 aa  57  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  28.14 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  27.43 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 406 aa  54.3  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.6 
 
 		 341 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 289 aa  53.5  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  22.28 
 
 		 316 aa  53.5  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  20.77 
 
 		 379 aa  53.1  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 263 aa  52.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  26.24 
 
 		 385 aa  52.8  0.000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.84 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  25.23 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 355 aa  51.2  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  23.91 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  24.25 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.87 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  24.15 
 
 		 305 aa  50.8  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  24.35 
 
 		 276 aa  50.8  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  22.34 
 
 		 377 aa  50.8  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.02 
 
 		 315 aa  50.8  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 335 aa  50.8  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 263 aa  50.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  27.05 
 
 		 308 aa  50.4  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 304 aa  50.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 302 aa  49.7  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  22.43 
 
 		 318 aa  49.3  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 282 aa  49.7  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  27.89 
 
 		 303 aa  48.9  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 318 aa  48.5  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.67 
 
 		 270 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  24.31 
 
 		 284 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  21.46 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.12 
 
 		 359 aa  48.1  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  24.26 
 
 		 354 aa  48.1  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  25.11 
 
 		 275 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  28.77 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  21.46 
 
 		 300 aa  48.1  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 276 aa  47.8  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  25 
 
 		 404 aa  47.4  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  25.97 
 
 		 400 aa  47.4  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.02 
 
 		 315 aa  47.4  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.4 
 
 		 483 aa  47  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  24.35 
 
 		 275 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 305 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 305 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  28.04 
 
 		 317 aa  46.2  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 275 aa  45.8  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  25 
 
 		 294 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.68 
 
 		 335 aa  45.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 275 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  27.21 
 
 		 308 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  27.21 
 
 		 308 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 360 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.67 
 
 		 280 aa  45.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  23.05 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  24.55 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.27 
 
 		 287 aa  44.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>