More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3084 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  100 
 
 		 276 aa  567  1e-161  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  54.23 
 
 		 271 aa  281  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  50.8 
 
 		 246 aa  263  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  48.09 
 
 		 266 aa  243  3e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  47.08 
 
 		 266 aa  233  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  44.87 
 
 		 268 aa  211  1e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  39.16 
 
 		 263 aa  176  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  38.1 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.74 
 
 		 272 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  37.22 
 
 		 279 aa  156  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  40.16 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  33.59 
 
 		 260 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  35.71 
 
 		 281 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  35.36 
 
 		 281 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  35.79 
 
 		 281 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  32.95 
 
 		 278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  35.27 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  35 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  33.69 
 
 		 280 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  35.08 
 
 		 250 aa  139  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  34 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  31.58 
 
 		 255 aa  122  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  31.78 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  33.99 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.52 
 
 		 341 aa  118  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  31.91 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.77 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  33.07 
 
 		 290 aa  112  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  29.52 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  33.09 
 
 		 318 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  33.73 
 
 		 243 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  33.2 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  32.92 
 
 		 241 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.63 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  32.37 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  30.53 
 
 		 251 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.34 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.83 
 
 		 321 aa  99.4  6e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.72 
 
 		 338 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.72 
 
 		 338 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  27.44 
 
 		 354 aa  96.7  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  28.32 
 
 		 338 aa  96.3  5e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.41 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 351 aa  93.6  3e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.96 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  23.62 
 
 		 331 aa  89.7  4e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 296 aa  89.4  6e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  25.84 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  31.58 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 276 aa  87  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  30.62 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 289 aa  85.5  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  27.52 
 
 		 363 aa  84.7  0.000000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  30.15 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.55 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  27.3 
 
 		 335 aa  82.4  0.000000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.5 
 
 		 356 aa  82  0.000000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  30.53 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3464  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  30.7 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  27.21 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.76 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  25.53 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  27.11 
 
 		 517 aa  80.1  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  25.56 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  25.56 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  25.56 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  26.29 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  25.94 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.95 
 
 		 274 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  24.55 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.47 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  27.49 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  29.67 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  25.28 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  26.49 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.78 
 
 		 483 aa  74.3  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  29.36 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  29.24 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.17 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  29.9 
 
 		 275 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.27 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.8 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  25.27 
 
 		 332 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.27 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>