255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0469 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  100 
 
 		 272 aa  553  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  90.08 
 
 		 272 aa  484  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  72.86 
 
 		 270 aa  381  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  58.94 
 
 		 279 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  53.43 
 
 		 281 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  53.6 
 
 		 281 aa  288  6e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  53.82 
 
 		 275 aa  284  9e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  51.97 
 
 		 281 aa  277  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  53.09 
 
 		 280 aa  271  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  37.73 
 
 		 276 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.63 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 266 aa  158  9e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  37.25 
 
 		 271 aa  152  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  36.95 
 
 		 246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  39.36 
 
 		 268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  37.39 
 
 		 263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  32.61 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 250 aa  115  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  32.16 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  32.44 
 
 		 243 aa  99.8  4e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  32.18 
 
 		 260 aa  97.8  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  33.07 
 
 		 240 aa  97.4  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  31.8 
 
 		 270 aa  96.3  5e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.23 
 
 		 263 aa  90.1  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  33.33 
 
 		 243 aa  89.4  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  33.9 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  32.61 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  31.98 
 
 		 255 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  31.76 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  31.2 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.64 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.51 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.51 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  31.58 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  30.61 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  31.12 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.1 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  32.93 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.14 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 322 aa  75.5  0.0000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  31.62 
 
 		 251 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.65 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  21.03 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  34.15 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 351 aa  72.4  0.000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.58 
 
 		 341 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  29.7 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  25 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.38 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  25.84 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25 
 
 		 331 aa  68.9  0.00000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 318 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.59 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  32.8 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  25.71 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.45 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 274 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  21.95 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  27.06 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  23.41 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.67 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.65 
 
 		 356 aa  65.1  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.07 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  22.71 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  32.04 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0757  periplasmic binding protein  30.65 
 
 		 273 aa  64.7  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  27.65 
 
 		 517 aa  64.3  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  28.14 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.11 
 
 		 311 aa  62.4  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  22.75 
 
 		 294 aa  62  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.56 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  35.88 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  30.3 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  21.93 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  29.11 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  27.37 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  27.37 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  27.37 
 
 		 332 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.37 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.37 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.37 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.37 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  21.29 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  24.24 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  24.75 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>