More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3666 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  100 
 
 		 271 aa  566  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  54.23 
 
 		 276 aa  281  1e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  48.57 
 
 		 246 aa  245  4.9999999999999997e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  44.57 
 
 		 266 aa  241  6e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  44.57 
 
 		 266 aa  236  2e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  48.05 
 
 		 268 aa  227  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  37.8 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  36.69 
 
 		 263 aa  161  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  35.98 
 
 		 279 aa  158  7e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  34.54 
 
 		 260 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.43 
 
 		 272 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  36.84 
 
 		 272 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  36.78 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  37.8 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  35.32 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  34.98 
 
 		 281 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  38.28 
 
 		 251 aa  140  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  34.4 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  35.61 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  34.63 
 
 		 281 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  33.45 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.43 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  35.41 
 
 		 250 aa  126  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  33.86 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  33.07 
 
 		 255 aa  122  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  33.08 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  31.27 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  29.24 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  29.04 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  28.47 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.8 
 
 		 338 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 337 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  32.14 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  30.94 
 
 		 241 aa  108  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  33.59 
 
 		 252 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  27.14 
 
 		 318 aa  106  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.08 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.08 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.74 
 
 		 263 aa  105  9e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.97 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  30.41 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30 
 
 		 287 aa  99.8  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.5 
 
 		 351 aa  99.8  5e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  31.67 
 
 		 243 aa  99  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.91 
 
 		 321 aa  99  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  30.83 
 
 		 240 aa  96.7  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  31.5 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  31.15 
 
 		 243 aa  96.3  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.36 
 
 		 275 aa  95.5  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  29.81 
 
 		 294 aa  95.5  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  25.56 
 
 		 300 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.71 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  26.1 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  25.56 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.37 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  31 
 
 		 274 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  30.73 
 
 		 274 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  27.27 
 
 		 274 aa  92.8  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  28.84 
 
 		 311 aa  92  8e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 354 aa  92  9e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  31 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 318 aa  90.1  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  27.27 
 
 		 275 aa  90.1  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 318 aa  89.4  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  31.43 
 
 		 317 aa  88.6  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.87 
 
 		 318 aa  88.6  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.27 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  30.09 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.36 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  29.11 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  28.91 
 
 		 284 aa  87.4  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  29.36 
 
 		 318 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  25.47 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  27.75 
 
 		 276 aa  87  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.62 
 
 		 313 aa  86.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  29.05 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  24.24 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.23 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  24.24 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  28 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.24 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.24 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.24 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.24 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.15 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  29 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  26.05 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  29 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  29 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>