164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0283 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  100 
 
 		 281 aa  577  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  84.29 
 
 		 281 aa  500  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  84.64 
 
 		 281 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  69.45 
 
 		 275 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  69.15 
 
 		 280 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  55.15 
 
 		 270 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  52.13 
 
 		 279 aa  275  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  51.97 
 
 		 272 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.77 
 
 		 272 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.21 
 
 		 266 aa  158  8e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  33.57 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  35.79 
 
 		 276 aa  145  8.000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  34.63 
 
 		 271 aa  135  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  32.2 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  37.41 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  33.57 
 
 		 263 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  35.64 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  34.38 
 
 		 250 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 278 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  33.2 
 
 		 240 aa  100  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  32.67 
 
 		 243 aa  99.4  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 260 aa  98.2  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 270 aa  95.9  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.26 
 
 		 263 aa  89.7  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 252 aa  85.5  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  30.86 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.39 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.05 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  28.24 
 
 		 241 aa  79.7  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  34.76 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  31.88 
 
 		 280 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  30.26 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  30.08 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  29.94 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  23.29 
 
 		 338 aa  76.3  0.0000000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  23.29 
 
 		 338 aa  76.3  0.0000000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  30.53 
 
 		 253 aa  75.9  0.0000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.23 
 
 		 338 aa  75.1  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  28.75 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  27.37 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  26.79 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  26.79 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.45 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.46 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  31.18 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.95 
 
 		 254 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  24.62 
 
 		 363 aa  70.9  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  24.56 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  31.52 
 
 		 354 aa  70.5  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  30.25 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  26.99 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.83 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.76 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  29.83 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  34.44 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  31.18 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  28.18 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  30.12 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  28.35 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  30.06 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  27.49 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  27.66 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  27.86 
 
 		 250 aa  67  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  30.29 
 
 		 321 aa  67  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  30.06 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.07 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  27.67 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  26.7 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  26.7 
 
 		 275 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.52 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  26.52 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.16 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.52 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.52 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.52 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.52 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  26.14 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.51 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  25.97 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  30.94 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  24.18 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  25.09 
 
 		 517 aa  62  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  27.37 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  29.21 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.71 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>