189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3150 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  100 
 
 		 290 aa  556  1e-157  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  75.42 
 
 		 243 aa  328  5.0000000000000004e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  62.85 
 
 		 255 aa  285  5e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  61.75 
 
 		 253 aa  282  6.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  61.69 
 
 		 280 aa  264  2e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  59.84 
 
 		 250 aa  257  2e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  60.43 
 
 		 241 aa  257  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  58.55 
 
 		 243 aa  240  2e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  56.78 
 
 		 251 aa  238  5.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  54.26 
 
 		 263 aa  236  3e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  58.55 
 
 		 240 aa  235  8e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  55.91 
 
 		 251 aa  225  7e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  55.02 
 
 		 252 aa  218  7e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  42.68 
 
 		 263 aa  174  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  44.13 
 
 		 250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  45.6 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  38.93 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  41.8 
 
 		 278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  28.41 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  33.07 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  32.14 
 
 		 271 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.36 
 
 		 266 aa  105  7e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  34.18 
 
 		 246 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  38.72 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 296 aa  99.4  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  31.79 
 
 		 275 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  33.17 
 
 		 321 aa  85.9  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  33.08 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  35.44 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.3 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  30.86 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  31.5 
 
 		 270 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  30.37 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  29.37 
 
 		 281 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  28.21 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 272 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  29.76 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.37 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.64 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.96 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  31.73 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.55 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.73 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.73 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.73 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.73 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.73 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  30.81 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1388  iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  23.45 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.783574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.73 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  33.17 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  26.67 
 
 		 338 aa  70.5  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  26.67 
 
 		 338 aa  70.5  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  33.17 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  32.14 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 337 aa  69.7  0.00000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  31.63 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  27.64 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  24.02 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  27.57 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.95 
 
 		 331 aa  65.9  0.0000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  31.12 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  31.16 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  29.29 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  30.35 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30.21 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.77 
 
 		 356 aa  62  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.5 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  30.54 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  22.71 
 
 		 305 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 275 aa  62  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  32.84 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  30 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  25.13 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  26.97 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  24.23 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  30.39 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  30.39 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  30.39 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.18 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  30.26 
 
 		 517 aa  60.1  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.1 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  24 
 
 		 275 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  28.72 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  33.88 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 275 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.49 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  29.32 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  29.41 
 
 		 291 aa  58.9  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 318 aa  58.9  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>