144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3279 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  100 
 
 		 296 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  66.31 
 
 		 295 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  64.24 
 
 		 310 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  69.63 
 
 		 288 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  57.78 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  55.56 
 
 		 299 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  54.37 
 
 		 269 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  54.18 
 
 		 279 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  53.97 
 
 		 279 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  56.52 
 
 		 272 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  36.36 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  36.82 
 
 		 271 aa  149  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  35.38 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  34.85 
 
 		 279 aa  139  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  34.6 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  34.84 
 
 		 286 aa  136  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  35.47 
 
 		 278 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  37.6 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  32.43 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  33.2 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  32.58 
 
 		 272 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  31.42 
 
 		 279 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  31.09 
 
 		 277 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  31.89 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  34.63 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  31.15 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  32.37 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 290 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  26.4 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  28.64 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  23.7 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  25.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  32.14 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  23.08 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 289 aa  62.4  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  27 
 
 		 391 aa  61.6  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.84 
 
 		 308 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.37 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.94 
 
 		 335 aa  59.3  0.00000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  29.24 
 
 		 406 aa  58.9  0.00000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  27.72 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  25.35 
 
 		 355 aa  57  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  25.75 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  24.76 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  26.32 
 
 		 326 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  22.96 
 
 		 367 aa  53.9  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  22.26 
 
 		 331 aa  53.9  0.000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  23.45 
 
 		 290 aa  53.9  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.91 
 
 		 293 aa  53.1  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  24.88 
 
 		 404 aa  53.1  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.71 
 
 		 315 aa  52.8  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 360 aa  52.4  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 333 aa  52.4  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  24.34 
 
 		 294 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  23.29 
 
 		 292 aa  51.6  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  22.71 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  24.39 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 295 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 295 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  24.63 
 
 		 357 aa  51.2  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.13 
 
 		 270 aa  51.2  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02106  hypothetical protein  28.05 
 
 		 327 aa  50.4  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  30.29 
 
 		 304 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  24.72 
 
 		 354 aa  50.4  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 335 aa  50.1  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  27.01 
 
 		 276 aa  50.1  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 275 aa  49.7  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  23.21 
 
 		 355 aa  49.7  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  25 
 
 		 263 aa  49.3  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  49.3  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.29 
 
 		 308 aa  49.3  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.29 
 
 		 308 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  30.29 
 
 		 302 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  29.81 
 
 		 290 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.19 
 
 		 308 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 310 aa  48.1  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  25.97 
 
 		 274 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.19 
 
 		 308 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.19 
 
 		 308 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.19 
 
 		 308 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  26.06 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 268 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.02 
 
 		 341 aa  48.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  21.36 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  21.36 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  29.82 
 
 		 379 aa  47  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 275 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 293 aa  47  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0657  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 245 aa  46.6  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.713656  normal  0.916099 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  21.21 
 
 		 318 aa  46.2  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>