73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0632 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  100 
 
 		 279 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  76.28 
 
 		 269 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  80.39 
 
 		 279 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  65.9 
 
 		 299 aa  344  1e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  62.5 
 
 		 299 aa  339  2e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  66.54 
 
 		 272 aa  315  7e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  58.63 
 
 		 310 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  58.42 
 
 		 295 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  58.15 
 
 		 288 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  51.08 
 
 		 296 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  34.29 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  35.43 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  33.09 
 
 		 278 aa  139  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  33.59 
 
 		 277 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  33.95 
 
 		 277 aa  135  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.86 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.86 
 
 		 279 aa  129  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  34.26 
 
 		 285 aa  128  9.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  32.24 
 
 		 281 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  32.2 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  33.83 
 
 		 278 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  33.59 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  31.02 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  32.18 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  31.15 
 
 		 272 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  32.23 
 
 		 317 aa  99.8  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  31.89 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  23.86 
 
 		 333 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  28.93 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.65 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.16 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  23.11 
 
 		 335 aa  55.5  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  22.73 
 
 		 316 aa  55.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  25.25 
 
 		 352 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  22.84 
 
 		 276 aa  52.4  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  27.43 
 
 		 263 aa  52  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0493  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 323 aa  50.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  27.18 
 
 		 327 aa  50.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  26.02 
 
 		 385 aa  49.7  0.00005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  20.59 
 
 		 391 aa  49.3  0.00008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  24.88 
 
 		 377 aa  48.9  0.00009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  22.28 
 
 		 367 aa  47.4  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  25.52 
 
 		 406 aa  46.6  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 333 aa  45.8  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  25.12 
 
 		 362 aa  45.8  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  26.34 
 
 		 278 aa  45.8  0.0009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  25.71 
 
 		 304 aa  45.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  24.49 
 
 		 400 aa  45.4  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  29.65 
 
 		 380 aa  45.4  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.12 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 303 aa  45.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  20.55 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  20.55 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  24.52 
 
 		 357 aa  44.7  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  29.61 
 
 		 274 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  29.01 
 
 		 291 aa  43.9  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  24.41 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  27.44 
 
 		 312 aa  43.9  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  30.68 
 
 		 302 aa  43.5  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 343 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  25.77 
 
 		 369 aa  43.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 308 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.57 
 
 		 341 aa  43.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  24.76 
 
 		 355 aa  42.7  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 343 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 331 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 326 aa  42  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>