204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3035 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  100 
 
 		 372 aa  773    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  95.16 
 
 		 372 aa  739    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  73.26 
 
 		 374 aa  594  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  72.27 
 
 		 375 aa  588  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  56.44 
 
 		 394 aa  440  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  57.47 
 
 		 374 aa  433  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  36.98 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  35.81 
 
 		 381 aa  236  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  35.81 
 
 		 389 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  35.81 
 
 		 389 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  34.73 
 
 		 370 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  30.32 
 
 		 375 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  34.63 
 
 		 366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.63 
 
 		 366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  34.63 
 
 		 366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  31.58 
 
 		 377 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  30.26 
 
 		 373 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  30.14 
 
 		 383 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  29.74 
 
 		 375 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.91 
 
 		 401 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  30.87 
 
 		 371 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  33.62 
 
 		 370 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  28.53 
 
 		 373 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  30.15 
 
 		 406 aa  199  9e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  30.84 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  29.78 
 
 		 383 aa  196  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  31.36 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  33.04 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  31.58 
 
 		 377 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  33.64 
 
 		 368 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  28.82 
 
 		 378 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  30.14 
 
 		 370 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  30.65 
 
 		 380 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  27.75 
 
 		 378 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  30.65 
 
 		 382 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  29.04 
 
 		 377 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  29.88 
 
 		 365 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 365 aa  152  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  28.83 
 
 		 427 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  26.2 
 
 		 384 aa  147  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 367 aa  146  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  24.33 
 
 		 407 aa  126  7e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  25.61 
 
 		 368 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  26.99 
 
 		 429 aa  122  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  27.62 
 
 		 363 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  26.1 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  26.87 
 
 		 364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  23.75 
 
 		 392 aa  109  6e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  24.46 
 
 		 363 aa  106  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  24.46 
 
 		 363 aa  106  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.36 
 
 		 478 aa  93.6  5e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.55 
 
 		 483 aa  92.4  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 359 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  26.89 
 
 		 380 aa  87  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.2 
 
 		 375 aa  86.3  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  22.92 
 
 		 380 aa  85.9  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 372 aa  80.1  0.00000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  24.38 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  24.4 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  27.01 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  22.45 
 
 		 375 aa  73.6  0.000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  24.22 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 362 aa  72.8  0.000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  24.53 
 
 		 390 aa  72.4  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.06 
 
 		 337 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  26.87 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  26.87 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 318 aa  69.3  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  24.57 
 
 		 361 aa  69.3  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.89 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0251  periplasmic binding protein  24.11 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  22.19 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  28.26 
 
 		 517 aa  67.4  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  23.63 
 
 		 338 aa  67  0.0000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.69 
 
 		 322 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0495  periplasmic binding protein  21.24 
 
 		 372 aa  65.1  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0117562  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  22.31 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  23.34 
 
 		 402 aa  63.5  0.000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  24.73 
 
 		 358 aa  63.5  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  27.5 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  23.03 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 353 aa  62.4  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  23.67 
 
 		 378 aa  61.6  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  24.21 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  22.16 
 
 		 375 aa  62  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  22.04 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  23.85 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  22.96 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.69 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  24.86 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1467  periplasmic binding protein  23.71 
 
 		 406 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  unclonable  0.0000000012515  normal  0.0723513 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 289 aa  58.5  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  24.57 
 
 		 289 aa  58.5  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 366 aa  58.5  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  24.29 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>