180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2124 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2124  periplasmic binding protein  100 
 
 		 346 aa  672    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.355272  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2873  periplasmic binding protein  47.37 
 
 		 364 aa  253  5.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  48.87 
 
 		 380 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  46.1 
 
 		 379 aa  236  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  44.7 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09830  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  44.09 
 
 		 394 aa  221  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.423992  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0371  periplasmic binding protein  45.14 
 
 		 380 aa  216  5e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  41.12 
 
 		 355 aa  213  5.999999999999999e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  36.86 
 
 		 362 aa  182  8.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  38.43 
 
 		 360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  36.52 
 
 		 357 aa  159  8e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  37.83 
 
 		 303 aa  150  5e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  35.07 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 276 aa  137  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  34.87 
 
 		 276 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  34.81 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  34.51 
 
 		 279 aa  113  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  34.51 
 
 		 279 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  34.51 
 
 		 279 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 275 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  28.03 
 
 		 289 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  31.05 
 
 		 317 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  36.03 
 
 		 270 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  33.84 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  31.84 
 
 		 284 aa  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  31.2 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  31.46 
 
 		 304 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 273 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  35.94 
 
 		 271 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  30.5 
 
 		 272 aa  99.4  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  32.79 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  29.73 
 
 		 272 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  34.27 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.5 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  31.98 
 
 		 304 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  33.87 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  32.79 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  33.87 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  33.87 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  32.41 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.87 
 
 		 308 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  31.62 
 
 		 278 aa  92.8  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.4 
 
 		 308 aa  92.8  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.4 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.4 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.4 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.5 
 
 		 308 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.4 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  32.44 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  30.07 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  29.43 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  31.18 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  30.5 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  30.34 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  29.15 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  27.91 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  29.64 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  24.51 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  28.14 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  30.86 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  23.37 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.78 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  28.23 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  26.46 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 323 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  24.61 
 
 		 379 aa  66.2  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  25.41 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  32.14 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  23.48 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  25.8 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  22.67 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 321 aa  62.4  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  28.36 
 
 		 297 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  26.29 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  25.22 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  26.44 
 
 		 377 aa  61.6  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  27.11 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  29.23 
 
 		 307 aa  60.1  0.00000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  24.82 
 
 		 483 aa  59.7  0.00000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.71 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  27.37 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 304 aa  57  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  18.55 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>