More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0297 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0297  periplasmic binding protein  100 
 
 
323 aa  632  1e-180  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3867  periplasmic binding protein  48.44 
 
 
316 aa  273  4.0000000000000004e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129858  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3006  periplasmic binding protein  46.89 
 
 
323 aa  265  8.999999999999999e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000872472 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30480  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  44.27 
 
 
332 aa  241  1e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178307  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3055  periplasmic binding protein  44.56 
 
 
340 aa  228  9e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2294  periplasmic binding protein  41.99 
 
 
330 aa  216  5.9999999999999996e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2464  periplasmic binding protein  35.31 
 
 
351 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1909  periplasmic binding protein  35.46 
 
 
335 aa  182  8.000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0599  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  34.59 
 
 
324 aa  180  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.717603  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4264  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  34.59 
 
 
324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4641  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  34.59 
 
 
324 aa  180  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4424  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  34.59 
 
 
324 aa  180  4e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000518711  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4636  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  34.59 
 
 
324 aa  179  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.471711  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4766  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  34.59 
 
 
324 aa  180  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00286539  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4356  periplasmic binding protein  33.86 
 
 
324 aa  172  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200584  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2421  periplasmic binding protein  29.58 
 
 
309 aa  142  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2754  periplasmic binding protein  32.21 
 
 
312 aa  142  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2829  twin-arginine translocation pathway signal  30.77 
 
 
300 aa  139  7.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.582079  normal  0.501847 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1739  periplasmic binding protein  30.58 
 
 
352 aa  134  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1738  periplasmic binding protein  28.08 
 
 
363 aa  126  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.028401  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0151  ferrichrome-binding periplasmic protein  30.94 
 
 
296 aa  123  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2189  periplasmic binding protein  30.85 
 
 
309 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06298  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  30.21 
 
 
317 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1050  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
308 aa  112  9e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.637791  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4069  periplasmic binding protein  31.41 
 
 
342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.423894 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3977  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  26.27 
 
 
302 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50340  iron(III)-siderophore-binding periplasmic protein  30.34 
 
 
292 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318256  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0523  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  31.46 
 
 
276 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0211  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  27.34 
 
 
296 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.687941  normal  0.911967 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0222  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  27.34 
 
 
296 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0210  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  27.34 
 
 
296 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0226  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  27.34 
 
 
296 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2782  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
301 aa  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0229  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  27.34 
 
 
296 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3461  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  27.44 
 
 
350 aa  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3332  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  27.44 
 
 
303 aa  102  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2582  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  26.52 
 
 
319 aa  102  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00742029  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0997  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  27.44 
 
 
303 aa  102  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3108  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  26.48 
 
 
308 aa  102  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2813  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  26.4 
 
 
301 aa  99.4  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.137068  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0144  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  26.67 
 
 
296 aa  98.6  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2757  periplasmic binding protein  29.9 
 
 
309 aa  98.2  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1600  periplasmic binding protein  28.04 
 
 
344 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00243459 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0164  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  26.67 
 
 
296 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3450  periplasmic binding protein  26.3 
 
 
296 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0202781  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3507  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  26.3 
 
 
296 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000933155  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0156  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  26.3 
 
 
296 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3767  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
296 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0570173 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00151  iron-hydroxamate transporter subunit  25.93 
 
 
296 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000912024  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2083  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.89 
 
 
429 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.108843  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00150  hypothetical protein  25.93 
 
 
296 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000817605  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1923  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.89 
 
 
398 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1683  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1937  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.89 
 
 
398 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189462  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0162  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.93 
 
 
296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001282  ferrichrome-binding periplasmic protein precursor  25 
 
 
309 aa  94.7  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0287347  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0157  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.93 
 
 
296 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  26.79 
 
 
311 aa  94  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2246  periplasmic binding protein  26.8 
 
 
327 aa  94  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.13483  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2208  periplasmic binding protein  26.8 
 
 
327 aa  94  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.970371  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0692  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.5 
 
 
290 aa  93.2  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.40073  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1185  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.54 
 
 
342 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145194  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1535  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
345 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118681  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1628  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.54 
 
 
398 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.400123  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1009  periplasmic binding protein  26.49 
 
 
295 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0291  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.54 
 
 
398 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0133819  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0870  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.54 
 
 
398 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322201  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2421  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.89 
 
 
419 aa  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231407  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1158  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
341 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.360135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1638  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
341 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.120815  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  26.83 
 
 
324 aa  89.4  7e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1556  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
345 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243327  normal  0.668658 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6475  periplasmic binding protein  26.38 
 
 
292 aa  89.4  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.99145  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  26.85 
 
 
662 aa  88.2  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4041  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
341 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003569  ferrichrome-binding periplasmic protein precursor  28.37 
 
 
259 aa  87  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4784  ABC Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  27.21 
 
 
345 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.119601  normal  0.931379 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  33.51 
 
 
322 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  33.86 
 
 
322 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0200  periplasmic binding protein  32.85 
 
 
322 aa  85.9  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1613  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
341 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109769  normal  0.0743729 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  25.7 
 
 
324 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  34.24 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  34.24 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1170  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.3 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  24.4 
 
 
300 aa  81.3  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0106  periplasmic binding protein  31.43 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100605  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0102  periplasmic binding protein  31.43 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000014163  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  30.28 
 
 
333 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2865  periplasmic binding protein  23.72 
 
 
303 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00082186  normal  0.0250097 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0754  FecB protein  23.65 
 
 
274 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.036257  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4510  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
317 aa  77  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1119  periplasmic binding protein  24.48 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000565066  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  30.05 
 
 
320 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1097  periplasmic binding protein  24.48 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000153945  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  32.57 
 
 
322 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1043  periplasmic binding protein  24.39 
 
 
340 aa  75.9  0.0000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2099  substrate-binding family protein  29.35 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000270129  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2038  iron(III) dicitrate-binding protein  29.35 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000324878  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2255  substrate-binding family protein  29.35 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00818777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2280  putative iron compound-binding protein  29.35 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1737099999999999e-45 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>