More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0300 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0300  periplasmic binding protein  100 
 
 		 301 aa  601  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0632  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  44.04 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2404  periplasmic binding protein  42.39 
 
 		 315 aa  229  3e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0899785  hitchhiker  0.00440693 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3079  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.71 
 
 		 312 aa  228  8e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3797  periplasmic binding protein  44.3 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0675  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  43.68 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5028  periplasmic binding protein  41.54 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.690796  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3806  periplasmic binding protein  44.96 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.17678 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0021  periplasmic binding protein  40.93 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0362  periplasmic binding protein  37.63 
 
 		 315 aa  211  2e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1005  periplasmic binding protein  41.11 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1763  periplasmic binding protein  38.82 
 
 		 316 aa  199  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.361737  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4264  transport system permease protein  43.08 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34400  ABC-type enterochelin transport system, periplasmic component  38.71 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1111  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  34.54 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2035  periplasmic binding protein  37.83 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3787  periplasmic binding protein  40.65 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4143  iron chelate ABC transporter periplasmic iron-binding protein  36.49 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0242829  normal  0.0341564 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0071  periplasmic binding protein  36.49 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4091  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  36.49 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4396  periplasmic binding protein  38.74 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0661  periplasmic binding protein  36.82 
 
 		 354 aa  188  7e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1907  periplasmic binding protein  40.74 
 
 		 350 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.217732  normal  0.206334 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2366  periplasmic binding protein  36.69 
 
 		 318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.203034  normal  0.10704 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1393  periplasmic binding protein  37.59 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0393092  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1354  enterochelin ABC transporter, periplasmic enterochelin-binding protein, authentic frameshift  35.51 
 
 		 330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2627  periplasmic binding protein  36.88 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.358639  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1928  periplasmic binding protein  35.52 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.967613  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1001  vibriobactin and enterobactin ABC transporter, periplasmic vibriobactin/enterobactin-binding protein  34.71 
 
 		 333 aa  170  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000270207  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06135  ABC-type enterochelin transport system periplasmic protein  32.78 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000332  ferric vibriobactin enterobactin transport system substrate-binding protein VctP  30.43 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000938047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1626  periplasmic binding protein  32.49 
 
 		 322 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02106  hypothetical protein  30.26 
 
 		 327 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0760  periplasmic binding protein  32.76 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0777  periplasmic binding protein  32.76 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3467  periplasmic binding protein  31.77 
 
 		 339 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.010551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2591  ferric siderophore ABC transporter, periplasmic siderophore-binding protein  31.99 
 
 		 340 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619611  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3340  periplasmic binding protein  31.77 
 
 		 339 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.002385  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3666  periplasmic binding protein  30.82 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.500239  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0734  periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 348 aa  136  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0403  transferrin receptor  28.78 
 
 		 347 aa  124  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.400692  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1007  iron-compound ABC transporter, iron-compound-binding protein  31.64 
 
 		 342 aa  119  7.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00224248  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1025  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.47 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0273694  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2916  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 337 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.421383  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5226  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.68 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5247  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.68 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5234  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.68 
 
 		 338 aa  103  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.153829  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4953  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  28.68 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00660828  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5330  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  28.46 
 
 		 333 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00008609  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2663  periplasmic binding protein  28.95 
 
 		 340 aa  103  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4795  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.92 
 
 		 337 aa  102  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000034871  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5197  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.92 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4815  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.92 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000198288  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0949  transferrin receptor  24.04 
 
 		 336 aa  99  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0298481  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3702  periplasmic binding protein  31.19 
 
 		 329 aa  96.7  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.312071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0634  periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 353 aa  96.3  6e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000010772  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  27.6 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25350  ABC-type enterochelin transport system, periplasmic component  27.68 
 
 		 335 aa  94.4  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30510  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.8 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0007  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.48 
 
 		 339 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04580  ABC-type enterochelin transport system, periplasmic component  31.74 
 
 		 334 aa  92  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.398248  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4918  periplasmic binding protein  28.67 
 
 		 337 aa  90.1  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000189068  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  30.28 
 
 		 662 aa  88.2  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  26.43 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  26.45 
 
 		 279 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2663  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30540  ABC-type enterochelin transport system, periplasmic component  27.24 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3525  periplasmic binding protein  30.66 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.476755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  28.77 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5173  periplasmic binding protein  25 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4780  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1770  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.74 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16600  ABC-type enterochelin transport system, periplasmic component  26.79 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  25 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4123  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 346 aa  71.6  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1777  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.06 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2940  periplasmic binding protein  27.99 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2122  periplasmic binding protein  28.91 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10692  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5503  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.49 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1763  hemin-binding periplasmic protein HmuT  22.88 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.21 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  23.76 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0102  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000014163  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0463  periplasmic binding protein  26.48 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0106  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100605  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1394  periplasmic binding protein  25.9 
 
 		 332 aa  68.9  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0164241  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  24.21 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5448  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.15 
 
 		 312 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1282  periplasmic binding protein  24.34 
 
 		 357 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.04 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5229  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.66 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  23.69 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5060  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.66 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.320975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5077  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.66 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5472  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.4 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5558  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.84 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5628  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.66 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001069  iron(III) dicitrate transport system iron-binding protein fecB  25.38 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>