More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1608 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  100 
 
 		 346 aa  689    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  65.89 
 
 		 356 aa  426  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  56.23 
 
 		 344 aa  380  1e-104  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  55.37 
 
 		 349 aa  330  2e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  44.52 
 
 		 338 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  44.84 
 
 		 338 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  41.79 
 
 		 344 aa  264  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  41.79 
 
 		 344 aa  264  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  44.66 
 
 		 342 aa  262  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  44.12 
 
 		 367 aa  262  6.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  44.89 
 
 		 325 aa  262  8e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  46.28 
 
 		 343 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  41.56 
 
 		 334 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  41.56 
 
 		 334 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  39.94 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  37.79 
 
 		 364 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  38.56 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  36.52 
 
 		 393 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  40.26 
 
 		 341 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  38.19 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  38.28 
 
 		 336 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  37.09 
 
 		 337 aa  225  7e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  36.59 
 
 		 336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  38.51 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  41.16 
 
 		 332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  38.81 
 
 		 341 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  39.93 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  35.96 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  34.78 
 
 		 336 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  36.91 
 
 		 339 aa  187  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  36.88 
 
 		 332 aa  182  6e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  34.51 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  33.63 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  36.33 
 
 		 394 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  32.78 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  32.47 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  33.55 
 
 		 342 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  33.77 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  33.44 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  29.94 
 
 		 331 aa  148  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  30.92 
 
 		 344 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  30.59 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  30.26 
 
 		 660 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  30.26 
 
 		 342 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  29.93 
 
 		 342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  28.31 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  28.91 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  29.1 
 
 		 321 aa  139  8.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.8 
 
 		 319 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.76 
 
 		 316 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  30.16 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  32.17 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  29.33 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  29.75 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  29.64 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  27.43 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  32.7 
 
 		 338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  32.13 
 
 		 348 aa  129  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  29.68 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  29.04 
 
 		 350 aa  113  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  27.93 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 358 aa  106  6e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  29.61 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  30.06 
 
 		 339 aa  99.4  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  29.26 
 
 		 273 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  29.26 
 
 		 273 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  26.55 
 
 		 317 aa  96.7  6e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 332 aa  85.9  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.74 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  23.93 
 
 		 379 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  23.73 
 
 		 331 aa  80.1  0.00000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  27.7 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.14 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  25.53 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  20.79 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.65 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  23.47 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  20.79 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.63 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.49 
 
 		 478 aa  69.7  0.00000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  24.18 
 
 		 321 aa  69.7  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 333 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  24.83 
 
 		 335 aa  69.3  0.00000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  23.48 
 
 		 305 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.3 
 
 		 483 aa  67.4  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04370  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.32 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>