275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4782 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  100 
 
 		 327 aa  667    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  74.3 
 
 		 339 aa  495  1e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  44.55 
 
 		 332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  44.41 
 
 		 338 aa  257  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  36.86 
 
 		 319 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  35.24 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  39.52 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  37.81 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  38.98 
 
 		 660 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  38.64 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  38.78 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  38.64 
 
 		 344 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  35.81 
 
 		 338 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  37.11 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  35.47 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  36.9 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  37.98 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  35.47 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  35.47 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  35.83 
 
 		 323 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  37.46 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  35.23 
 
 		 317 aa  169  7e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  33.04 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  35.92 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  35.14 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  35.58 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  33.88 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  33 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 330 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  34.15 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  35.25 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  32.2 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  31.79 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  31.06 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  30.06 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  34.26 
 
 		 339 aa  142  9e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  31.8 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  39.11 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  39.11 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  31.35 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  29.39 
 
 		 355 aa  135  8e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  31.01 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.99 
 
 		 394 aa  133  5e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  32.57 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  29.73 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.7 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  30.55 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 346 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 356 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  29.58 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  29.21 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 325 aa  102  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 367 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 335 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  29.68 
 
 		 344 aa  96.3  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  29.68 
 
 		 344 aa  96.3  7e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  28.7 
 
 		 393 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  28.2 
 
 		 337 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  24.42 
 
 		 341 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 336 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  23.55 
 
 		 332 aa  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  27.39 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  27.91 
 
 		 364 aa  89  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 336 aa  89  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  24.47 
 
 		 333 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  30.64 
 
 		 376 aa  87  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 341 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  29.39 
 
 		 348 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  25.16 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 341 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  22.62 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2939  periplasmic binding protein  31.33 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0108677  hitchhiker  0.00600632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3093  periplasmic binding protein  31.33 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712568 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.08 
 
 		 336 aa  72.8  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  22.58 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  22.58 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 362 aa  72  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  24.29 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  27.5 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.06 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.06 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  25.7 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.06 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  24.54 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.66 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  27.68 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>