More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4565 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  100 
 
 		 342 aa  689    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  60 
 
 		 316 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  59.26 
 
 		 311 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  59.8 
 
 		 316 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  55.97 
 
 		 315 aa  358  8e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  57.73 
 
 		 323 aa  358  8e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  58.64 
 
 		 323 aa  352  4e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  54.27 
 
 		 319 aa  345  7e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  59.26 
 
 		 330 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  59.26 
 
 		 330 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  57.05 
 
 		 330 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  52.04 
 
 		 327 aa  341  9e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  58.33 
 
 		 344 aa  340  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  57.67 
 
 		 660 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  57.43 
 
 		 338 aa  335  5e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  57.33 
 
 		 342 aa  335  9e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  57.33 
 
 		 342 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  46.82 
 
 		 320 aa  288  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  50.52 
 
 		 350 aa  287  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  45.37 
 
 		 320 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  44.44 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  45.78 
 
 		 330 aa  270  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  44.3 
 
 		 318 aa  256  4e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  42.32 
 
 		 330 aa  252  8.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  58.3 
 
 		 273 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  58.3 
 
 		 273 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  46.1 
 
 		 328 aa  247  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  40.27 
 
 		 338 aa  210  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  33.78 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  38.11 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  36.84 
 
 		 338 aa  176  6e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  37.46 
 
 		 327 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  34.64 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  36.73 
 
 		 326 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  36.27 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 338 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  33.82 
 
 		 358 aa  159  4e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  32.47 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  33.55 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  32.53 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  31.42 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  34.07 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  33.55 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  31.6 
 
 		 344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  34.81 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.82 
 
 		 394 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  33.98 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.11 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  33.87 
 
 		 334 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  32.59 
 
 		 325 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  26.35 
 
 		 355 aa  119  7.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  29.27 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  27.58 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  29.03 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  29.03 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 338 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  28.71 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  27.72 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  29.72 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  27.58 
 
 		 364 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  27.83 
 
 		 336 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  27.36 
 
 		 342 aa  99.4  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  27.18 
 
 		 336 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  25.76 
 
 		 393 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  24.26 
 
 		 332 aa  97.1  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  26.75 
 
 		 336 aa  95.5  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  29.9 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  30.45 
 
 		 348 aa  92  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  25.7 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  30.35 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  24.46 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.88 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  24.61 
 
 		 335 aa  82.4  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.84 
 
 		 483 aa  82  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.92 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.76 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.34 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.4 
 
 		 341 aa  80.9  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  29.45 
 
 		 478 aa  80.5  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.25 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.23 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  28.72 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.26 
 
 		 335 aa  77  0.0000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.08 
 
 		 331 aa  75.9  0.0000000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  23.97 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.44 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0880  membrane transport solute-binding protein  54.55 
 
 		 69 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.386332  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2714  lipoprotein  54.55 
 
 		 69 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.619358  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  25.39 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 352 aa  72.8  0.000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>