More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0174 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  100 
 
 		 320 aa  663    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  93.44 
 
 		 320 aa  627  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  67.52 
 
 		 330 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  65.68 
 
 		 318 aa  419  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  60.33 
 
 		 330 aa  385  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  55.74 
 
 		 328 aa  359  4e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  44.41 
 
 		 316 aa  288  7e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  44.74 
 
 		 316 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  45.37 
 
 		 342 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  45.54 
 
 		 323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  44.76 
 
 		 327 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  44.27 
 
 		 330 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  45.11 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  45.03 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  45.03 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  43.26 
 
 		 319 aa  272  5.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  44.75 
 
 		 311 aa  268  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  41.12 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  44.63 
 
 		 338 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  44.37 
 
 		 660 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  44.37 
 
 		 342 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  43.61 
 
 		 344 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  44.04 
 
 		 342 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  42.05 
 
 		 317 aa  246  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  39.66 
 
 		 350 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  46.9 
 
 		 273 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  46.9 
 
 		 273 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  38.2 
 
 		 338 aa  211  9e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  36.3 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  36.66 
 
 		 338 aa  179  8e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  32.51 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  32.91 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  30.25 
 
 		 326 aa  157  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  33 
 
 		 327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  32.44 
 
 		 339 aa  156  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 338 aa  143  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  29.68 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  29.37 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  30.25 
 
 		 335 aa  135  7.000000000000001e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  29.86 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  29.11 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  27.92 
 
 		 356 aa  133  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  29.93 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  26.79 
 
 		 344 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.21 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 355 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  27.96 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.76 
 
 		 394 aa  121  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  30.64 
 
 		 321 aa  119  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  26.43 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  25.32 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  26.14 
 
 		 338 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  26.9 
 
 		 344 aa  105  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  26.9 
 
 		 344 aa  105  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 342 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  29.68 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  24.92 
 
 		 338 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  26.84 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  26.84 
 
 		 334 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  24.61 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 332 aa  97.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 341 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 336 aa  95.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 336 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  26.13 
 
 		 325 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 364 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.28 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  23.84 
 
 		 343 aa  92.8  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  24.92 
 
 		 335 aa  92.8  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  23.15 
 
 		 367 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  24.68 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  24.04 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  24.52 
 
 		 336 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.97 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  22.66 
 
 		 393 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.27 
 
 		 478 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  25.81 
 
 		 348 aa  83.6  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25.65 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 376 aa  79.3  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.26 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  24.83 
 
 		 483 aa  77.4  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  22.73 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  26.06 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  24.44 
 
 		 331 aa  74.3  0.000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  24.25 
 
 		 328 aa  72.8  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  23.66 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.9 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  25.17 
 
 		 337 aa  70.9  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  23.87 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.75 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.32 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.32 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.32 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.32 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>