185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2980 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  100 
 
 		 336 aa  682    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  55.95 
 
 		 364 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  55.45 
 
 		 336 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  56.15 
 
 		 336 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  54.41 
 
 		 336 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  54.15 
 
 		 393 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  56.15 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  56.87 
 
 		 334 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  56.87 
 
 		 334 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  51.05 
 
 		 338 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  50 
 
 		 338 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  50.94 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  49.38 
 
 		 335 aa  339  4e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  50.94 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  50.32 
 
 		 325 aa  331  9e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  52.5 
 
 		 343 aa  331  1e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  48.2 
 
 		 342 aa  331  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  48.62 
 
 		 367 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  36.2 
 
 		 341 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  36.53 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  41.88 
 
 		 344 aa  242  5e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  36.47 
 
 		 341 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  39.94 
 
 		 346 aa  236  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  39.1 
 
 		 349 aa  227  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  36.84 
 
 		 356 aa  224  2e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 343 aa  155  9e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 355 aa  149  6e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  33.79 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  29.94 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  30.45 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  30.13 
 
 		 310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.23 
 
 		 394 aa  124  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  28.18 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.77 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  27.25 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  27.33 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  26.11 
 
 		 344 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 338 aa  102  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  25.57 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 660 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  25.54 
 
 		 330 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  25.8 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  25.48 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  24.44 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  22.64 
 
 		 320 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  24.7 
 
 		 330 aa  96.7  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  26.75 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  23.38 
 
 		 318 aa  95.9  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 320 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  23.79 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  26.75 
 
 		 330 aa  92.4  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.45 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  23.99 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 338 aa  90.1  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  24.52 
 
 		 311 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  26.3 
 
 		 338 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 330 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 330 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  23.15 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  26.65 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  24.45 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  26.29 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  26.35 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.05 
 
 		 336 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  26.47 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  26.47 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  25.08 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.28 
 
 		 341 aa  72.4  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  31.84 
 
 		 376 aa  72  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04370  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.59 
 
 		 346 aa  68.9  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  22.57 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  25.4 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 337 aa  67  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0373  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 723 aa  65.5  0.000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.390993 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  23.26 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  23.17 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  22.86 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  22.26 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  21.71 
 
 		 339 aa  63.5  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0231  periplasmic binding protein  28.32 
 
 		 723 aa  62.8  0.000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.999715  normal  0.640564 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  22.33 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  21.92 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.4 
 
 		 338 aa  61.2  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.4 
 
 		 338 aa  61.2  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  22.36 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  21.85 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.48 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  22.22 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  23.53 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>