209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4081 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  100 
 
 		 367 aa  738    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  68.96 
 
 		 344 aa  491  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  68.96 
 
 		 344 aa  491  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  62.87 
 
 		 342 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  65.82 
 
 		 343 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  53.47 
 
 		 338 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  53.47 
 
 		 338 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  54.95 
 
 		 334 aa  354  1e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  54.95 
 
 		 334 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  52.06 
 
 		 335 aa  343  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  50.16 
 
 		 336 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  50.47 
 
 		 336 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  49.23 
 
 		 364 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  52.16 
 
 		 325 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  51.29 
 
 		 336 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  51.31 
 
 		 337 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  50.49 
 
 		 393 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  48.34 
 
 		 336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  46.45 
 
 		 341 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  45.9 
 
 		 332 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  47.93 
 
 		 341 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  46.75 
 
 		 344 aa  265  1e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  44.69 
 
 		 346 aa  261  1e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  44.63 
 
 		 356 aa  260  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  41.8 
 
 		 349 aa  228  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  33.96 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  32.17 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  29.9 
 
 		 336 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  35.53 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.43 
 
 		 394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 660 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.75 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  28.75 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  28.75 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  27.63 
 
 		 338 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 333 aa  110  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  28.43 
 
 		 313 aa  109  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  29.6 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  29.6 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  29.54 
 
 		 330 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  25 
 
 		 310 aa  105  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  26.19 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  27.55 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  27.47 
 
 		 315 aa  104  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  31.93 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  31.93 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 327 aa  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.25 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  28.3 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  26.6 
 
 		 311 aa  100  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 320 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  24.53 
 
 		 318 aa  99.8  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  25 
 
 		 327 aa  99.8  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  27.54 
 
 		 323 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 338 aa  96.3  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  27.54 
 
 		 323 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  27.5 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 339 aa  94.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.65 
 
 		 316 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  26.81 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  27.91 
 
 		 317 aa  92.4  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 339 aa  91.3  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  26.65 
 
 		 316 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  23.15 
 
 		 320 aa  90.5  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 338 aa  89.7  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  25.7 
 
 		 330 aa  88.6  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  25 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  25.41 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  25.4 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 330 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  24.05 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  23.95 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  25.4 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  24.38 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  24.91 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  25.27 
 
 		 305 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.02 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 318 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.45 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.45 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  31.61 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  27.89 
 
 		 376 aa  67.8  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  26.57 
 
 		 275 aa  67  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  23.44 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  26.33 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  28.32 
 
 		 284 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 287 aa  65.5  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  27.88 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25 
 
 		 336 aa  65.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  22.71 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  24.24 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  22.64 
 
 		 337 aa  63.5  0.000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  23.51 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>