280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3916 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  100 
 
 		 376 aa  755    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  34.63 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 338 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  30.09 
 
 		 326 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  31.49 
 
 		 331 aa  109  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  28.07 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  30.41 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  32.71 
 
 		 330 aa  106  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  34.28 
 
 		 660 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  33.65 
 
 		 344 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  33.97 
 
 		 342 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  32.08 
 
 		 338 aa  103  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  31.46 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  31.46 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  33.65 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  31.01 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  28.11 
 
 		 317 aa  100  6e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 309 aa  99.8  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  29.52 
 
 		 356 aa  96.3  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 338 aa  96.3  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.52 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.94 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.21 
 
 		 315 aa  89.4  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  28.61 
 
 		 348 aa  89  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  29.03 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 330 aa  87.8  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  30.64 
 
 		 327 aa  87.4  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  30.19 
 
 		 311 aa  87  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  25.64 
 
 		 332 aa  87  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 325 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  26.21 
 
 		 318 aa  86.7  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  28.8 
 
 		 315 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.57 
 
 		 332 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  23.78 
 
 		 318 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  30.35 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  28.7 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  27.73 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  27.73 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  30.31 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  29.6 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.55 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.3 
 
 		 318 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  34.53 
 
 		 273 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  34.53 
 
 		 273 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.08 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  28.75 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  23.38 
 
 		 338 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 379 aa  79  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.42 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.43 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 335 aa  77.4  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 346 aa  76.3  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  25.31 
 
 		 349 aa  75.5  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  24.44 
 
 		 335 aa  75.9  0.000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  25.41 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.38 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  30.23 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.74 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  24.36 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 342 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 299 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  31.84 
 
 		 336 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.41 
 
 		 336 aa  72  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  31.08 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  26.73 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  25.19 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  25 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  27.43 
 
 		 328 aa  70.5  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 354 aa  70.5  0.00000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  28.51 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  27.23 
 
 		 331 aa  70.1  0.00000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 265 aa  69.7  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.33 
 
 		 394 aa  69.7  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  26.38 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.79 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  23.85 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  24.41 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  23.55 
 
 		 341 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 382 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  25.93 
 
 		 393 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  24.6 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>