202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4239 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  100 
 
 		 333 aa  667    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  31.51 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  30.79 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  29.7 
 
 		 338 aa  109  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  33.56 
 
 		 330 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  35.33 
 
 		 330 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  35.33 
 
 		 330 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  34.23 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  27.35 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  30.12 
 
 		 376 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  31.67 
 
 		 344 aa  99.8  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  26.2 
 
 		 326 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  31.67 
 
 		 342 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  31.67 
 
 		 342 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  31.67 
 
 		 660 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 316 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  29.07 
 
 		 319 aa  96.3  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.29 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 338 aa  89  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  26.8 
 
 		 323 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  29.71 
 
 		 344 aa  82  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  26.14 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  27.55 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  29.1 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 350 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  37.2 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  37.2 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.6 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  25.3 
 
 		 343 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  28.72 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.09 
 
 		 394 aa  77.4  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  27.39 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  26.84 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  22.49 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  40.95 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  27.19 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  26.48 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  26.06 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.34 
 
 		 332 aa  72.4  0.000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  28.32 
 
 		 346 aa  72  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  28.81 
 
 		 348 aa  72  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  25.17 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  24.92 
 
 		 336 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  26.5 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  25.39 
 
 		 364 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4488  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.44 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  26.58 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  26.58 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  22.76 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4265  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.32 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4102  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.32 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4449  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.32 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4597  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.32 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 335 aa  68.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  26.28 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  38.04 
 
 		 342 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  23.93 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04370  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.91 
 
 		 346 aa  67  0.0000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 367 aa  67  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  34.76 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  23.67 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  24.61 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0748  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.47 
 
 		 315 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4450  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.68 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  26.35 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  26.79 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4502  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.75 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 336 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  35.11 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4216  periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.481404  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4113  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.72 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  29.61 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  25.39 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  30.83 
 
 		 282 aa  62.4  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 352 aa  62.4  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 328 aa  62.4  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  32.57 
 
 		 478 aa  62  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  30.9 
 
 		 332 aa  62  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.27 
 
 		 483 aa  62.4  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  26.33 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  31.03 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  32.98 
 
 		 338 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.83 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  36.05 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  23.91 
 
 		 353 aa  59.7  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  25.54 
 
 		 351 aa  59.3  0.00000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>