216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1929 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  100 
 
 		 336 aa  690    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  89.58 
 
 		 364 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  89.29 
 
 		 336 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  89.25 
 
 		 336 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  72.55 
 
 		 337 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  67.58 
 
 		 393 aa  475  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  54.41 
 
 		 336 aa  388  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  55.7 
 
 		 334 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  55.7 
 
 		 334 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  52.29 
 
 		 344 aa  358  9e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  52.29 
 
 		 344 aa  358  9e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  51.83 
 
 		 335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  55.84 
 
 		 343 aa  348  8e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  49.85 
 
 		 338 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  51.78 
 
 		 342 aa  347  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  49.54 
 
 		 338 aa  345  6e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  50.47 
 
 		 367 aa  337  9.999999999999999e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  47.91 
 
 		 325 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  38.22 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  38.05 
 
 		 341 aa  241  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  38.89 
 
 		 344 aa  239  5e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  40.85 
 
 		 356 aa  237  3e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  39.31 
 
 		 341 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  40.38 
 
 		 349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  36.59 
 
 		 346 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  31.38 
 
 		 343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  32.49 
 
 		 355 aa  151  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  29.65 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  29.41 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  32.08 
 
 		 335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  30.12 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  29.47 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 339 aa  120  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 318 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.64 
 
 		 332 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  27.38 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  28.66 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  27.54 
 
 		 344 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.52 
 
 		 394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  27.45 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  27.87 
 
 		 660 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.01 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.54 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  28.75 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  26.05 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  27.21 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  29.23 
 
 		 350 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  26.87 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  25.77 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  25.15 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  27.16 
 
 		 338 aa  100  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 330 aa  99  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  24.92 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  24.52 
 
 		 333 aa  93.2  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  25.4 
 
 		 311 aa  92.4  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  27.39 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  25.24 
 
 		 330 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  25.24 
 
 		 330 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  27.22 
 
 		 328 aa  87.8  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  25.24 
 
 		 338 aa  86.3  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  29.61 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  29.61 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  26.13 
 
 		 339 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.34 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.93 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  22.12 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.17 
 
 		 341 aa  76.3  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  29.95 
 
 		 376 aa  73.9  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  24.6 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  22.8 
 
 		 363 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.58 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  26.47 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  22.55 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  23.61 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.7 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  23.57 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  25.74 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  22.83 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  23.93 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  23.15 
 
 		 337 aa  68.2  0.0000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  21.09 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  22.52 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  22.83 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  23.1 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  24.83 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  23.68 
 
 		 358 aa  66.2  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  25.31 
 
 		 312 aa  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>