229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0441 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  100 
 
 		 349 aa  692    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  57.1 
 
 		 344 aa  346  4e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  53.09 
 
 		 346 aa  331  9e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  51.84 
 
 		 356 aa  305  6e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  42.81 
 
 		 338 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  42.27 
 
 		 338 aa  265  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  44.77 
 
 		 342 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  43.55 
 
 		 344 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  43.55 
 
 		 344 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  44.35 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  45.31 
 
 		 325 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  40.62 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  40 
 
 		 364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  40 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  42.39 
 
 		 334 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  40.65 
 
 		 343 aa  230  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  42.39 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  39.3 
 
 		 336 aa  229  6e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  40.77 
 
 		 367 aa  229  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  39.94 
 
 		 336 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  38.64 
 
 		 337 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  38.31 
 
 		 393 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 341 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  39.51 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  38.1 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  37.26 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  35.39 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  41.26 
 
 		 335 aa  186  4e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  31.85 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 355 aa  172  5.999999999999999e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  37.09 
 
 		 332 aa  172  7.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  33.43 
 
 		 326 aa  167  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  32.78 
 
 		 339 aa  162  8.000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.21 
 
 		 394 aa  162  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  33.77 
 
 		 323 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  28.53 
 
 		 338 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  33.99 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  33.99 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 		 338 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  31.7 
 
 		 331 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  33.55 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  32.57 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  32.44 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  33 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  32.23 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  30.94 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  31.05 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  31.79 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  31.76 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  30.72 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  29.35 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.94 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.93 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  34.28 
 
 		 339 aa  129  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  30.94 
 
 		 660 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30.94 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  31.61 
 
 		 350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  30.62 
 
 		 342 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  28.01 
 
 		 320 aa  126  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  30.62 
 
 		 344 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  33.12 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  26.89 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  27.74 
 
 		 327 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  31.49 
 
 		 338 aa  119  6e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  31.46 
 
 		 348 aa  116  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 317 aa  116  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 318 aa  114  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  28.24 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  24.93 
 
 		 332 aa  97.4  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  31.47 
 
 		 273 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  31.47 
 
 		 273 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  29.82 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.75 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  23.66 
 
 		 331 aa  82.4  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 379 aa  82  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 341 aa  79.7  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.62 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 339 aa  76.3  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  25.31 
 
 		 376 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.42 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  22.12 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04370  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.35 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  26.34 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  19.48 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  24.56 
 
 		 312 aa  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  25.21 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  19.85 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  23.95 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.83 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  23.17 
 
 		 339 aa  63.5  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  26.36 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.78 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  21.88 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>