279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5562 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  100 
 
 		 316 aa  651    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  92.41 
 
 		 316 aa  608  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  63.1 
 
 		 315 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  63.01 
 
 		 323 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  61.84 
 
 		 323 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  58.79 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  61.99 
 
 		 311 aa  376  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  60 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  56.41 
 
 		 327 aa  368  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  59.18 
 
 		 660 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  57.98 
 
 		 330 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  59.18 
 
 		 344 aa  360  3e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  59.18 
 
 		 342 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  60.34 
 
 		 330 aa  358  5e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  60.34 
 
 		 330 aa  358  5e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  58.84 
 
 		 342 aa  358  7e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  58.97 
 
 		 338 aa  354  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  45.37 
 
 		 320 aa  297  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  46.35 
 
 		 317 aa  289  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  44.41 
 
 		 320 aa  288  7e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  46.94 
 
 		 330 aa  287  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  60.09 
 
 		 273 aa  275  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  60.09 
 
 		 273 aa  275  6e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  45.3 
 
 		 330 aa  275  7e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  45.15 
 
 		 318 aa  272  7e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  46.37 
 
 		 350 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  45.36 
 
 		 328 aa  263  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  41.77 
 
 		 338 aa  232  5e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  36.96 
 
 		 339 aa  187  3e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  35.79 
 
 		 331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  34.01 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  37.98 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  33.88 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  34.11 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  36.77 
 
 		 394 aa  161  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  35.99 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  37.37 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  34.53 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  32 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  29.01 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  31.03 
 
 		 358 aa  149  4e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  32.18 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  31.85 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 356 aa  142  8e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  31.17 
 
 		 344 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.47 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  29.29 
 
 		 355 aa  136  4e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  30.69 
 
 		 346 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  30.94 
 
 		 349 aa  132  6.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 338 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  27.19 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  31.65 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  27.55 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  29.31 
 
 		 393 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  28.01 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  27.52 
 
 		 364 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 336 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  27.71 
 
 		 336 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  27.04 
 
 		 344 aa  105  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  27.04 
 
 		 344 aa  105  8e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  27.1 
 
 		 332 aa  105  8e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  25.15 
 
 		 332 aa  105  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  28.01 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  26.19 
 
 		 335 aa  99.8  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  26.73 
 
 		 343 aa  98.2  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  27.42 
 
 		 343 aa  96.3  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  29.52 
 
 		 376 aa  94.7  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  26.81 
 
 		 341 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 367 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 333 aa  90.9  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  24.45 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  24.04 
 
 		 331 aa  87.8  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  29.74 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  28.43 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  26.92 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  23.35 
 
 		 361 aa  76.6  0.0000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2714  lipoprotein  55 
 
 		 69 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.619358  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0880  membrane transport solute-binding protein  55 
 
 		 69 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.386332  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  29.2 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 328 aa  72.8  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  28.77 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  21.89 
 
 		 375 aa  71.2  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  29.14 
 
 		 379 aa  70.9  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>