More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4829 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  100 
 
 		 317 aa  638    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  49.69 
 
 		 319 aa  323  3e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  52.74 
 
 		 311 aa  308  6.999999999999999e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  49.32 
 
 		 323 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  47.78 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  49.15 
 
 		 323 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  46.35 
 
 		 316 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  45.66 
 
 		 316 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  45.97 
 
 		 315 aa  286  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  48.48 
 
 		 330 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  48.98 
 
 		 342 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  48.98 
 
 		 342 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  48.98 
 
 		 660 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  48.64 
 
 		 344 aa  276  4e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  48.82 
 
 		 330 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  48.82 
 
 		 330 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  47.81 
 
 		 338 aa  272  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  44.44 
 
 		 342 aa  271  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  46.55 
 
 		 350 aa  250  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  41.69 
 
 		 320 aa  248  7e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  42.05 
 
 		 320 aa  246  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  40.8 
 
 		 330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  41.58 
 
 		 330 aa  236  4e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  40.6 
 
 		 338 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  40.74 
 
 		 328 aa  217  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  37.16 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  48.88 
 
 		 273 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  48.88 
 
 		 273 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  38.8 
 
 		 338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  37.33 
 
 		 339 aa  182  6e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  34.24 
 
 		 336 aa  172  5.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  35.35 
 
 		 327 aa  169  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  34.98 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  32.75 
 
 		 358 aa  158  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  33.44 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  33.55 
 
 		 331 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.67 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  34.77 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.29 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  30.59 
 
 		 346 aa  143  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  30.51 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 335 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 355 aa  135  8e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  30.51 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  30.72 
 
 		 356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  27.91 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  29.51 
 
 		 344 aa  124  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  29.77 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  29.67 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  26.36 
 
 		 338 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  29.9 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 338 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  28.7 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  28.7 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  32.09 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 349 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  28.75 
 
 		 332 aa  116  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  27.44 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  28.66 
 
 		 393 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  29.06 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 333 aa  109  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  29.02 
 
 		 336 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 336 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  29.68 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  29.35 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  28.39 
 
 		 343 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 336 aa  97.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  27.42 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.44 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.75 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.91 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.75 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  26.25 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  26.25 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  30.09 
 
 		 348 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  28.75 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.92 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  22.19 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.09 
 
 		 478 aa  76.6  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  29.94 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  31.19 
 
 		 382 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3093  periplasmic binding protein  32.54 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712568 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.58 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.42 
 
 		 483 aa  73.2  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  22.88 
 
 		 379 aa  72.4  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0831  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.64 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.3337 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  26.21 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 354 aa  70.5  0.00000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  23.84 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.31 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>