More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5019 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  100 
 
 		 319 aa  664    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  68.47 
 
 		 327 aa  463  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  66.55 
 
 		 311 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  58.79 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  57.88 
 
 		 316 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  56.38 
 
 		 315 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  53.56 
 
 		 330 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  56.04 
 
 		 330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  56.04 
 
 		 330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  52.02 
 
 		 323 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  52.19 
 
 		 323 aa  345  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  54.27 
 
 		 342 aa  345  7e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  54.08 
 
 		 338 aa  344  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  50.84 
 
 		 660 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  50.17 
 
 		 344 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  50.84 
 
 		 342 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  50.51 
 
 		 342 aa  328  8e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  49.69 
 
 		 317 aa  323  3e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  46.84 
 
 		 330 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  44.34 
 
 		 320 aa  281  7.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  44.37 
 
 		 350 aa  279  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  44.52 
 
 		 330 aa  276  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  44.55 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  43.26 
 
 		 320 aa  272  5.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  54.5 
 
 		 273 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  54.5 
 
 		 273 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  42.11 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  39.81 
 
 		 338 aa  221  9.999999999999999e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  38.31 
 
 		 339 aa  206  3e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  36.88 
 
 		 327 aa  197  3e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  37.37 
 
 		 338 aa  194  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  35.35 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  36.7 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  35.28 
 
 		 358 aa  176  4e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  34.59 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  35.74 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  33.91 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  31.85 
 
 		 338 aa  166  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  35 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  32.11 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.22 
 
 		 394 aa  157  2e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  33.55 
 
 		 326 aa  158  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  31.19 
 
 		 355 aa  152  5e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  31.34 
 
 		 339 aa  145  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.92 
 
 		 332 aa  143  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  28.8 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  28.84 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  29.03 
 
 		 343 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  28.94 
 
 		 349 aa  129  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 356 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  27.98 
 
 		 344 aa  123  4e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  28.7 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  31.19 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  31.19 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  27.25 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  28.23 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 343 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  27.96 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  28.35 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  28.35 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.5 
 
 		 393 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 336 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  26.87 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  26.19 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 332 aa  104  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 333 aa  102  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 325 aa  99  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  26.25 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 341 aa  93.2  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  26.81 
 
 		 343 aa  93.2  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 348 aa  91.7  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  28.94 
 
 		 376 aa  90.9  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  23.99 
 
 		 336 aa  90.1  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  25.29 
 
 		 331 aa  89.7  6e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25.17 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.67 
 
 		 322 aa  88.2  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.34 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.06 
 
 		 336 aa  86.3  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  31.94 
 
 		 379 aa  84  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  25.23 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  24.45 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  24.83 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  25.43 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.46 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  24.26 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  26.2 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  26.2 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  23.55 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.75 
 
 		 338 aa  77.4  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  25.47 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.17 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>