More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2732 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  100 
 
 		 338 aa  685    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  46.57 
 
 		 339 aa  289  4e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  44.97 
 
 		 338 aa  259  6e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  43.99 
 
 		 327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  43.47 
 
 		 323 aa  235  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  42.95 
 
 		 316 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  41.77 
 
 		 316 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  42.76 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  44.71 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  43.52 
 
 		 342 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  43.19 
 
 		 660 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  43.19 
 
 		 344 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  42.86 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  38.11 
 
 		 327 aa  223  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  41.61 
 
 		 330 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  42.37 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  41.88 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  41.88 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  41.78 
 
 		 338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  39.81 
 
 		 319 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  40.6 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  39.93 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  38.82 
 
 		 320 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  38.2 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  40.27 
 
 		 342 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  41.02 
 
 		 350 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  40.33 
 
 		 330 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  38.64 
 
 		 318 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  35.78 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  37.31 
 
 		 328 aa  192  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  37.43 
 
 		 326 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  34.59 
 
 		 358 aa  182  8.000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  34.03 
 
 		 330 aa  179  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  41.74 
 
 		 273 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  41.74 
 
 		 273 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  31.61 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  35.23 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  34.97 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.01 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  29.06 
 
 		 355 aa  143  4e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  33.78 
 
 		 339 aa  142  6e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  31.02 
 
 		 356 aa  133  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 344 aa  133  3.9999999999999996e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.35 
 
 		 332 aa  133  5e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  31.63 
 
 		 346 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  31.5 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  27.42 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  32.27 
 
 		 332 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  28.66 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  29.62 
 
 		 344 aa  122  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  29.62 
 
 		 344 aa  122  7e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  29.71 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  32.19 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  31.76 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  29.21 
 
 		 338 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  28.91 
 
 		 341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  29.15 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  31.67 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  32.71 
 
 		 348 aa  109  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  28.53 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 343 aa  105  8e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  29.66 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 336 aa  102  7e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  29.71 
 
 		 325 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  27.16 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 336 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 367 aa  96.3  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 364 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.6 
 
 		 393 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.76 
 
 		 336 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  25 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  30.21 
 
 		 376 aa  86.7  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  23.28 
 
 		 379 aa  83.2  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  22.02 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  22.02 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  23.1 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  25.74 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  25.53 
 
 		 294 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  25.35 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  25.53 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  25.18 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  23.36 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  22.65 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  21.52 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  25.18 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  24.03 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  28.8 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>