266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3792 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  100 
 
 		 350 aa  717    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  50.34 
 
 		 342 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  44 
 
 		 319 aa  280  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  45.67 
 
 		 316 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  43.93 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  45.33 
 
 		 311 aa  268  8.999999999999999e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  45.67 
 
 		 316 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  48.12 
 
 		 344 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  48.12 
 
 		 342 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  48.12 
 
 		 660 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  42.03 
 
 		 327 aa  259  6e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  47.78 
 
 		 342 aa  259  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  43.45 
 
 		 323 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  45.79 
 
 		 323 aa  256  6e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  45.97 
 
 		 317 aa  252  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  47.59 
 
 		 330 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  47.59 
 
 		 330 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  45.97 
 
 		 338 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  46.55 
 
 		 330 aa  245  8e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  40.68 
 
 		 320 aa  238  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  39.4 
 
 		 320 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  39.25 
 
 		 330 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  41.04 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  40.72 
 
 		 338 aa  212  5.999999999999999e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  36.43 
 
 		 330 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  37.37 
 
 		 318 aa  206  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  47.06 
 
 		 273 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  47.06 
 
 		 273 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  37.58 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  35.98 
 
 		 331 aa  180  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  35.87 
 
 		 338 aa  179  4.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  36.86 
 
 		 327 aa  179  7e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  32.94 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  36.7 
 
 		 339 aa  177  3e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  33.54 
 
 		 326 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  32.31 
 
 		 338 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  33.91 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  34.05 
 
 		 335 aa  142  9e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  29.97 
 
 		 358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  29.79 
 
 		 355 aa  134  3e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  28.22 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  31.98 
 
 		 349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.79 
 
 		 394 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  29.41 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.17 
 
 		 332 aa  122  8e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  28.01 
 
 		 356 aa  117  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  33.56 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  28.17 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  30.38 
 
 		 364 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  25.37 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.72 
 
 		 393 aa  106  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  29.94 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  29.21 
 
 		 321 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 334 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  26.88 
 
 		 338 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  28.89 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  25.31 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  30.47 
 
 		 337 aa  95.1  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 367 aa  93.2  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  27.87 
 
 		 344 aa  89.7  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  27.87 
 
 		 344 aa  89.7  6e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  26.33 
 
 		 335 aa  84  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  28.79 
 
 		 348 aa  83.6  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  27.36 
 
 		 343 aa  79.7  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 379 aa  79  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0373  periplasmic binding protein  26.35 
 
 		 723 aa  75.5  0.000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.390993 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  24.84 
 
 		 328 aa  75.9  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  24.68 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  25.16 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  23.88 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0231  periplasmic binding protein  25.65 
 
 		 723 aa  72.8  0.000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.999715  normal  0.640564 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28 
 
 		 483 aa  72.8  0.000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  24.09 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  26.16 
 
 		 303 aa  72.4  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  22.78 
 
 		 331 aa  71.2  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.67 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.22 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.38 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  23.26 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  26.97 
 
 		 478 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.67 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  27.08 
 
 		 376 aa  67.4  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.08 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  25.26 
 
 		 307 aa  67  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  24.42 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  26.9 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  23.88 
 
 		 322 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 297 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  23.77 
 
 		 363 aa  65.9  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>