188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1136 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  100 
 
 		 343 aa  689    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  66.47 
 
 		 344 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  66.47 
 
 		 344 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  63.64 
 
 		 367 aa  444  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  60.65 
 
 		 342 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  56.67 
 
 		 335 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  52.94 
 
 		 338 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  55.86 
 
 		 336 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  55.45 
 
 		 334 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  55.13 
 
 		 334 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  51.76 
 
 		 338 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  55.84 
 
 		 336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  54.26 
 
 		 364 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  54.46 
 
 		 336 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  53.77 
 
 		 337 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  53.54 
 
 		 325 aa  349  4e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  51.19 
 
 		 393 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  51.04 
 
 		 336 aa  340  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  47.1 
 
 		 344 aa  268  8e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  44.71 
 
 		 346 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  44.66 
 
 		 356 aa  266  2.9999999999999995e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  42.99 
 
 		 332 aa  265  8.999999999999999e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  40.72 
 
 		 341 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  44.35 
 
 		 349 aa  260  2e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  41.92 
 
 		 341 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  28.91 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  30.09 
 
 		 355 aa  133  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  30.07 
 
 		 338 aa  129  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  33.57 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 339 aa  123  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  30.49 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.52 
 
 		 332 aa  112  6e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  28.23 
 
 		 317 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  29.33 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  26.73 
 
 		 338 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  27.3 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.97 
 
 		 394 aa  108  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  27.21 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  28.07 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 342 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 660 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  28.19 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  27.07 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.99 
 
 		 342 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  26.99 
 
 		 342 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  26.39 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  28.48 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.39 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  24.68 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  24.28 
 
 		 320 aa  95.9  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 315 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  27.16 
 
 		 332 aa  93.2  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  26.05 
 
 		 330 aa  92.8  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  28.75 
 
 		 273 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  28.75 
 
 		 273 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  24.92 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  27.76 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  29.43 
 
 		 339 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  27.36 
 
 		 339 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  26.73 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  24.68 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  25.53 
 
 		 376 aa  78.6  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  24.45 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  26.58 
 
 		 338 aa  75.1  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  44.19 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  24.68 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  24.91 
 
 		 305 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  24.56 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  27.85 
 
 		 339 aa  70.1  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  27.8 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  23.92 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  26.98 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.62 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.67 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.08 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  25.41 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.23 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.23 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 348 aa  63.9  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  22.43 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  24.19 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  22.39 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  22.73 
 
 		 351 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>