291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4278 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  100 
 
 		 339 aa  686    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  75.4 
 
 		 327 aa  487  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  46.57 
 
 		 338 aa  289  4e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  43.45 
 
 		 332 aa  265  1e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  38.31 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  40.2 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  39.94 
 
 		 338 aa  200  3e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  37.17 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  39.12 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  36.36 
 
 		 338 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  36.36 
 
 		 330 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  36.7 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  36.7 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  36.96 
 
 		 316 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  38.11 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  37.33 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  36.54 
 
 		 660 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  36.72 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.39 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  36.39 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  37.37 
 
 		 350 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  35.05 
 
 		 330 aa  169  7e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  33.22 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  35.84 
 
 		 335 aa  164  3e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  35.71 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  35.03 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  33.03 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  32.9 
 
 		 318 aa  157  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  32.44 
 
 		 320 aa  156  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  32.44 
 
 		 320 aa  155  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  35.83 
 
 		 328 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  30.95 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  30.47 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  32.29 
 
 		 336 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  32.07 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  34.21 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  33.13 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  29.19 
 
 		 355 aa  137  4e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.54 
 
 		 394 aa  135  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  36.36 
 
 		 273 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  36.36 
 
 		 273 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 338 aa  125  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  34.28 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 344 aa  120  3e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  29.43 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.21 
 
 		 332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  28.81 
 
 		 321 aa  112  8.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  30.82 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  28.84 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 335 aa  109  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 356 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  27.9 
 
 		 338 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 341 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 343 aa  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  30.55 
 
 		 325 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  30.29 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  30.29 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  27.7 
 
 		 341 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  24.12 
 
 		 332 aa  98.6  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  30.07 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 343 aa  97.4  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  30.28 
 
 		 334 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  29.97 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  30.82 
 
 		 348 aa  94.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  23.13 
 
 		 333 aa  92.8  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  27.18 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  28.1 
 
 		 393 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.2 
 
 		 336 aa  90.1  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  24.85 
 
 		 331 aa  87  4e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  26.13 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  27.66 
 
 		 336 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 364 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 376 aa  82  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  26.29 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2939  periplasmic binding protein  28.82 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0108677  hitchhiker  0.00600632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3093  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712568 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  27.87 
 
 		 332 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  27.97 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.97 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.97 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.97 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.97 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  23.7 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.83 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04370  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.49 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  26.62 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1836  periplasmic binding protein  28.44 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.67 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.24 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>