222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2934 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  100 
 
 		 310 aa  631  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  61.86 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  43.06 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  40.35 
 
 		 336 aa  222  7e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  39.08 
 
 		 339 aa  211  1e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  38.91 
 
 		 335 aa  207  1e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  37.84 
 
 		 331 aa  206  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  36.24 
 
 		 338 aa  200  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  35.62 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  36.68 
 
 		 321 aa  185  7e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  34.93 
 
 		 394 aa  175  7e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  33.33 
 
 		 323 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  32.55 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  34.3 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  33.91 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  32.67 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  33.12 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 344 aa  161  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  33.11 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  33.11 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  31.16 
 
 		 660 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  31.16 
 
 		 342 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  31.94 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  30.82 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  31.51 
 
 		 316 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  34.46 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  32.47 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  29.79 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  30.2 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  33.57 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  30.82 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 338 aa  149  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  32.55 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  31.85 
 
 		 330 aa  146  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  28.98 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  31.35 
 
 		 327 aa  139  6e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  30.33 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  30 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  29.93 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  29.35 
 
 		 349 aa  132  6e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  30.18 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  29.75 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  28.76 
 
 		 358 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  31.66 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  29.37 
 
 		 333 aa  125  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  30.48 
 
 		 338 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  28.66 
 
 		 332 aa  122  9e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  28.29 
 
 		 344 aa  119  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  28.29 
 
 		 344 aa  119  6e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.42 
 
 		 393 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  31.08 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  31.08 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  28.09 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 337 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  28.08 
 
 		 336 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  27.15 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  29.02 
 
 		 348 aa  112  6e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  29.71 
 
 		 334 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  29.77 
 
 		 334 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  28.87 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  28.39 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  25 
 
 		 367 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  28.17 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  28.57 
 
 		 317 aa  104  1e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  27.3 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 342 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  27.02 
 
 		 343 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  29.73 
 
 		 343 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 335 aa  93.2  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.83 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 339 aa  77  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  23.76 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  25.17 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04370  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.43 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  26.55 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1763  hemin-binding periplasmic protein HmuT  24.89 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.88 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 315 aa  65.5  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 339 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  23 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  24 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  22.87 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  23.67 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0373  periplasmic binding protein  24.44 
 
 		 723 aa  60.1  0.00000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.390993 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 276 aa  59.3  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.17 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.17 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>