162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3392 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 		 334 aa  671    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  98.5 
 
 		 334 aa  660    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  56.88 
 
 		 393 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  58.5 
 
 		 337 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  56.84 
 
 		 336 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  55.56 
 
 		 335 aa  378  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  55.45 
 
 		 336 aa  375  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  54.71 
 
 		 336 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  54.41 
 
 		 336 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  54.43 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  53.37 
 
 		 338 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  52.45 
 
 		 338 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  55.21 
 
 		 367 aa  359  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  53.29 
 
 		 344 aa  358  9e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  53.29 
 
 		 344 aa  358  9e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  54.14 
 
 		 342 aa  357  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  55.38 
 
 		 343 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  54.6 
 
 		 325 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  39.82 
 
 		 332 aa  257  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  44.01 
 
 		 356 aa  256  3e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  44.55 
 
 		 344 aa  249  5e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  39.43 
 
 		 341 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  40.55 
 
 		 341 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  41.56 
 
 		 346 aa  239  5.999999999999999e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  42.39 
 
 		 349 aa  230  3e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  34.6 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  34.59 
 
 		 355 aa  156  4e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 336 aa  149  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  33.13 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  33.55 
 
 		 339 aa  139  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  32.33 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  32.12 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  34.46 
 
 		 330 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  32.38 
 
 		 328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  33.94 
 
 		 342 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  31.92 
 
 		 323 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  32.93 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.27 
 
 		 394 aa  125  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  34.73 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  34.73 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  31.63 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.87 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  32.61 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  31.45 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  28.66 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  32.58 
 
 		 344 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  32.9 
 
 		 660 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  32.58 
 
 		 342 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  27.16 
 
 		 320 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  33.44 
 
 		 338 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  32.58 
 
 		 342 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  28.66 
 
 		 327 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  31.16 
 
 		 338 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  28.89 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  32.5 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  30.55 
 
 		 311 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  28.66 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  30.03 
 
 		 330 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  29.6 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  26.83 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  30.35 
 
 		 331 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  27.7 
 
 		 317 aa  102  8e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  30.32 
 
 		 339 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  29.13 
 
 		 321 aa  99.8  5e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  30.67 
 
 		 327 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 358 aa  89.7  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  29.9 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  29.65 
 
 		 338 aa  86.3  7e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  32.34 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  32.34 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 341 aa  80.1  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.27 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.24 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.24 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  33.12 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.08 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  24.14 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  30.81 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 339 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.02 
 
 		 336 aa  68.6  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 376 aa  67  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.01 
 
 		 289 aa  67  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  31.03 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.71 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0231  periplasmic binding protein  25.5 
 
 		 723 aa  60.5  0.00000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.999715  normal  0.640564 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.14 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0373  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 723 aa  60.5  0.00000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.390993 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  25.81 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3773  periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  20.91 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  21.38 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  24.39 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  23.53 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>