More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2706 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  100 
 
 		 356 aa  718    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  63.5 
 
 		 346 aa  433  1e-120  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  56.18 
 
 		 344 aa  377  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  51.84 
 
 		 349 aa  306  3e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  43.49 
 
 		 338 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  41.84 
 
 		 338 aa  285  7e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  45.45 
 
 		 344 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  45.45 
 
 		 344 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  46.43 
 
 		 342 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  45.08 
 
 		 367 aa  263  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  44.81 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  44.01 
 
 		 334 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  40.73 
 
 		 393 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  43.37 
 
 		 334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  41.88 
 
 		 337 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  39.78 
 
 		 364 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  38.69 
 
 		 335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  41.99 
 
 		 336 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  41.67 
 
 		 336 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  42.72 
 
 		 325 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  39.64 
 
 		 336 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  39.82 
 
 		 341 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  36.89 
 
 		 336 aa  227  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  39.88 
 
 		 343 aa  225  8e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  38.81 
 
 		 341 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  38.31 
 
 		 332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  38.91 
 
 		 335 aa  192  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  38.31 
 
 		 339 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  34.5 
 
 		 326 aa  182  7e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  32.26 
 
 		 333 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  35.69 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.64 
 
 		 332 aa  173  5e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  33.12 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  31 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  34.88 
 
 		 394 aa  164  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  32.36 
 
 		 342 aa  156  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  30.47 
 
 		 355 aa  155  8e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  31.93 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  31.43 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  32.11 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  30.7 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  30.62 
 
 		 316 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  30.82 
 
 		 660 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.62 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30.39 
 
 		 342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  32.25 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  30.39 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  30.39 
 
 		 342 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  30.9 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  30.9 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  32.71 
 
 		 338 aa  139  8.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  30.9 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  30.23 
 
 		 338 aa  138  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  30.72 
 
 		 317 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.88 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  28.82 
 
 		 317 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  26.38 
 
 		 318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  29.75 
 
 		 348 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  28.49 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 330 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  28.01 
 
 		 350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  26.73 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 358 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  25.07 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  29.13 
 
 		 273 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  29.13 
 
 		 273 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  29.52 
 
 		 376 aa  97.4  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 343 aa  87  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  26.43 
 
 		 332 aa  87  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.32 
 
 		 336 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  22.7 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  25.19 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  21.25 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  25.69 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.5 
 
 		 341 aa  75.9  0.0000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3912  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000229928  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.15 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  21.25 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  26.26 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  23.93 
 
 		 379 aa  72.8  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.29 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.29 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.67 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  25.53 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.86 
 
 		 478 aa  70.5  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  21.63 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0758  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  23 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  22.86 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  26.58 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>