193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2418 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2418  periplasmic binding protein  100 
 
 		 364 aa  739    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3277  periplasmic binding protein  98.21 
 
 		 336 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2058  periplasmic binding protein  94.93 
 
 		 336 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1929  periplasmic binding protein  89.58 
 
 		 336 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.047072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3256  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  67.28 
 
 		 393 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273216  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3094  periplasmic binding protein  69.61 
 
 		 337 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239264  normal  0.801568 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2980  periplasmic binding protein  55.95 
 
 		 336 aa  402  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3392  ABC Fe3+-siderophores transporter, periplasmic binding protein  55.37 
 
 		 334 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3038  periplasmic binding protein  55.37 
 
 		 334 aa  361  9e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.847272 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0756  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  50.44 
 
 		 344 aa  354  1e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.648016  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0705  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  50.44 
 
 		 344 aa  354  1e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.132797  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1362  periplasmic binding protein  51.06 
 
 		 335 aa  351  1e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2601  periplasmic binding protein  49.54 
 
 		 338 aa  346  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0806884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1136  periplasmic binding protein  54.26 
 
 		 343 aa  344  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3916  periplasmic binding protein  51.13 
 
 		 342 aa  344  1e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212593  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2275  periplasmic binding protein  48.02 
 
 		 338 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4081  periplasmic binding protein  49.23 
 
 		 367 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4224  periplasmic binding protein  47.59 
 
 		 325 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3205  periplasmic binding protein  37.7 
 
 		 332 aa  243  5e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.954932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2706  periplasmic binding protein  41.83 
 
 		 356 aa  241  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5102  periplasmic binding protein  36.75 
 
 		 341 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0139456  normal  0.029207 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  38.49 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1651  periplasmic binding protein  38.89 
 
 		 344 aa  234  3e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.342986  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0441  periplasmic binding protein  37.99 
 
 		 349 aa  232  7.000000000000001e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5390  periplasmic binding protein  37.65 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0724533  normal  0.210291 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2656  periplasmic binding protein  30.5 
 
 		 343 aa  159  5e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.19637  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  33.44 
 
 		 355 aa  151  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  35.15 
 
 		 335 aa  140  4.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  28.53 
 
 		 338 aa  139  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  29.85 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  31.46 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  30.72 
 
 		 315 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2771  periplasmic binding protein  29.71 
 
 		 330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.127784 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  29.31 
 
 		 326 aa  119  9e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23960  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.13 
 
 		 394 aa  115  8.999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220072  normal  0.854026 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0547  periplasmic binding protein  27.16 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17630  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.96 
 
 		 332 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16394  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.23 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2934  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371372  normal  0.385675 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3208  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 660 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1414  membrane transport solute-binding protein  28.52 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  29.06 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3152  putative iron chelate uptake ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.52 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  28.35 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 331 aa  110  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3191  membrane transport solute-binding protein  28.2 
 
 		 342 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3792  periplasmic binding protein  29.93 
 
 		 350 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0976138  normal  0.756934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2241  hypothetical protein  27.11 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.52 
 
 		 316 aa  107  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3576  periplasmic binding protein  28.8 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.113907  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26390  hypothetical protein  26.4 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.660026  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1600  periplasmic binding protein  28.34 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3724  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 332 aa  102  9e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1288  hypothetical protein  26.8 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.120797 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0403  periplasmic binding protein  27.08 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4565  periplasmic binding protein  27.58 
 
 		 342 aa  100  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0186  periplasmic binding protein  26.35 
 
 		 320 aa  96.7  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2732  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 338 aa  94.7  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0174  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 320 aa  94  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  25.72 
 
 		 311 aa  93.6  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1331  periplasmic binding protein  27 
 
 		 330 aa  92.8  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19897 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1298  periplasmic binding protein  24.1 
 
 		 333 aa  90.5  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0868  periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 330 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.635562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1349  periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 330 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2323  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 338 aa  89.7  7e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4491  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  25.89 
 
 		 338 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 328 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 327 aa  87.8  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0879  membrane transport solute-binding protein  30.04 
 
 		 273 aa  87.4  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2713  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound binding protein  30.04 
 
 		 273 aa  87.4  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.73 
 
 		 315 aa  86.7  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 339 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  25.57 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  21.76 
 
 		 332 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2437  periplasmic binding protein  25 
 
 		 348 aa  72  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0367724  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.25 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.26 
 
 		 339 aa  70.1  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4239  periplasmic binding protein  25.2 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  20.82 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.66 
 
 		 336 aa  67  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  21.84 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  23.15 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  20.5 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3916  periplasmic binding protein  26.7 
 
 		 376 aa  64.7  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225545  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  23.13 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  20.83 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  23.15 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  26.12 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  26.1 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  25.74 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  22.01 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  23.1 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  23.15 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.38 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  24.22 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>