More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1298 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1298  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
442 aa  913    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0872  histidine kinase  45.71 
 
 
585 aa  354  2e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.7 
 
 
1134 aa  276  6e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.79 
 
 
962 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.08 
 
 
1106 aa  259  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.96 
 
 
777 aa  257  4e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  46.83 
 
 
1015 aa  256  7e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 
1102 aa  255  9e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.21 
 
 
845 aa  255  9e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.02 
 
 
1079 aa  254  3e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  40.95 
 
 
1112 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.38 
 
 
1180 aa  249  6e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.03 
 
 
845 aa  245  9e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
1115 aa  245  9.999999999999999e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 
819 aa  242  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.82 
 
 
1124 aa  238  1e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.4 
 
 
796 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.15 
 
 
753 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.2 
 
 
796 aa  237  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.27 
 
 
752 aa  234  3e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.64 
 
 
849 aa  233  5e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.16 
 
 
994 aa  232  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.88 
 
 
823 aa  231  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.96 
 
 
1176 aa  229  6e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.84 
 
 
955 aa  229  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.69 
 
 
557 aa  227  3e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.09 
 
 
1148 aa  226  6e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.47 
 
 
955 aa  226  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.76 
 
 
853 aa  224  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
733 aa  223  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.67 
 
 
859 aa  222  9e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  35.26 
 
 
866 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1202  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 
1126 aa  221  3e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.766255  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.97 
 
 
880 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 
874 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  41.44 
 
 
527 aa  218  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  34.1 
 
 
749 aa  216  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.83 
 
 
1051 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1296  sensory box histidine kinase/response regulator  43.59 
 
 
726 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00691779  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
840 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1700  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.15 
 
 
850 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.99866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
752 aa  213  5.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 
847 aa  212  9e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.138459 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.06 
 
 
668 aa  212  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
639 aa  212  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.12 
 
 
925 aa  211  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
888 aa  211  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3223  histidine kinase  47.48 
 
 
594 aa  210  4e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00047761  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.02 
 
 
1050 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.54 
 
 
741 aa  210  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  31.93 
 
 
892 aa  209  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.08 
 
 
766 aa  209  7e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 
650 aa  209  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
853 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.76 
 
 
817 aa  208  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2124  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 
857 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104313  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  41.54 
 
 
726 aa  207  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2463  two component sensor kinase  35.95 
 
 
872 aa  207  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.899501  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.15 
 
 
740 aa  207  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 
769 aa  207  4e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.91 
 
 
637 aa  206  5e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 
857 aa  206  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3527  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.5 
 
 
839 aa  206  5e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.064663 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1525  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.7 
 
 
872 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.40409  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0848  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.88 
 
 
698 aa  205  1e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.132769  normal  0.98666 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1350  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.68 
 
 
699 aa  204  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  42.11 
 
 
945 aa  204  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.02 
 
 
933 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
925 aa  204  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  36.12 
 
 
829 aa  204  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 
1132 aa  203  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2632  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.13 
 
 
906 aa  203  6e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
807 aa  203  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.75 
 
 
773 aa  202  7e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  33.93 
 
 
903 aa  202  8e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.91 
 
 
727 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
903 aa  202  9e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.41 
 
 
551 aa  202  9e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  41.7 
 
 
945 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.09 
 
 
817 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 
853 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 
828 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
867 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00129243  normal  0.0294734 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  41.64 
 
 
824 aa  201  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.07 
 
 
655 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.05 
 
 
522 aa  201  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
867 aa  201  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.126106 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  40 
 
 
1005 aa  200  5e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 
1076 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0853  sensor histidine kinase/reponse regulator  42.19 
 
 
845 aa  199  7e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00134282  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.18 
 
 
773 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.88 
 
 
887 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  35.43 
 
 
812 aa  199  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.85 
 
 
885 aa  197  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.62 
 
 
734 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
575 aa  197  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 
743 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.16 
 
 
890 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  41.11 
 
 
936 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 
781 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>