More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4562 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4562  hemolysin-type calcium-binding region  100 
 
 		 245 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.478129 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0360  hemolysin-type calcium-binding region  47.74 
 
 		 243 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.624774 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1662  hemolysin-type calcium-binding region  43.83 
 
 		 260 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  40 
 
 		 1079 aa  137  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1701  5'-nucleotidase domain-containing protein  38 
 
 		 980 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.507606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0281  protein of unknown function DUF839  41.46 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5716  CHRD domain containing protein  34.23 
 
 		 460 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  46.11 
 
 		 1164 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36 
 
 		 1236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  38.02 
 
 		 2667 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  46.15 
 
 		 1279 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  45.14 
 
 		 946 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  37.72 
 
 		 1712 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  36.2 
 
 		 1363 aa  123  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3872  hemolysin-type calcium-binding region  40.26 
 
 		 1895 aa  122  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  36.23 
 
 		 2775 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8151  CHRD domain containing protein  37.59 
 
 		 460 aa  121  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159577  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1884  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  40.87 
 
 		 588 aa  119  6e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0760067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3509  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  42.99 
 
 		 202 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3154  hemolysin-type calcium-binding region  42.99 
 
 		 202 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0996816 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1696  metallophosphoesterase  35.34 
 
 		 2105 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.45 
 
 		 2668 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  40.44 
 
 		 813 aa  116  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3374  hemolysin-type calcium-binding region  46.29 
 
 		 491 aa  115  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.337821 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7343  Hemolysin-type calcium-binding region  39.13 
 
 		 615 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  44.39 
 
 		 561 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  46.75 
 
 		 950 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4004  hemolysin-type calcium-binding region  39.02 
 
 		 424 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1569  Hemolysin-type calcium-binding region  36.14 
 
 		 341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.722713  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1416  hypothetical protein  38.68 
 
 		 1424 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259976  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6816  Hemolysin-type calcium-binding region  36.11 
 
 		 526 aa  111  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4565  hemolysin-type calcium-binding region  37.1 
 
 		 387 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.520328  normal  0.522149 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0405  hemolysin-type calcium-binding region  40.2 
 
 		 709 aa  110  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1854  hemolysin-type calcium-binding region  38.6 
 
 		 5171 aa  109  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000611986 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.86 
 
 		 1795 aa  108  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  42.17 
 
 		 4334 aa  108  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0804  hemolysin-type calcium-binding region  32.48 
 
 		 2885 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4192  hemolysin-type calcium-binding region  39.06 
 
 		 1287 aa  108  6e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3435  hemolysin-type calcium-binding region  36.25 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.489484  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0822  peptidase domain-containing protein  37.61 
 
 		 820 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4754  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  40.78 
 
 		 3427 aa  107  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1905  putative outer membrane adhesin like proteiin  45.62 
 
 		 1963 aa  108  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.849124 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  43.68 
 
 		 2954 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7966  Hemolysin-type calcium-binding region  36.15 
 
 		 341 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1242  Hemolysin-type calcium-binding region  44.5 
 
 		 1400 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3106  hemolysin-type calcium-binding region  38.4 
 
 		 375 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  40.39 
 
 		 1855 aa  106  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3919  hemolysin-type calcium-binding region  43.56 
 
 		 393 aa  106  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3216  hypothetical protein  40.1 
 
 		 595 aa  106  4e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00990527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1562  RTX toxins and related Ca2+-binding proteins-like  40.72 
 
 		 769 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.618227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2424  glycoside hydrolase family protein  35.2 
 
 		 467 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443188 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  39.02 
 
 		 589 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1367  hemolysin-type calcium-binding protein  37.96 
 
 		 757 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1936  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.4 
 
 		 1016 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4644  Allergen V5/Tpx-1 related  33.46 
 
 		 833 aa  104  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.738369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1995  Hemolysin-type calcium-binding region  41.01 
 
 		 257 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0203272  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1349  hemolysin-type calcium-binding region  45.09 
 
 		 744 aa  103  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.156878  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  38.55 
 
 		 3619 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  43.56 
 
 		 1534 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1796  hemolysin-type calcium-binding region  38.8 
 
 		 537 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.47796  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2775  hemolysin-type calcium-binding region  38.97 
 
 		 437 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.256809  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4242  hemolysin-type calcium-binding protein  35.47 
 
 		 1544 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4070  hemolysin-type calcium-binding region  40.41 
 
 		 385 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1113  hemolysin-type calcium-binding region; RTX toxin  38.03 
 
 		 437 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1114  hemolysin-type calcium-binding toxin  36.07 
 
 		 280 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.437868  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3007  hemolysin-type calcium-binding region  34.75 
 
 		 363 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.448328  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  38.55 
 
 		 3619 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  33.69 
 
 		 1197 aa  100  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4191  hemolysin-type calcium-binding region  38.36 
 
 		 982 aa  100  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.735923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4552  glycoside hydrolase family protein  42.08 
 
 		 686 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.4064 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2165  glycoside hydrolase family protein  34.75 
 
 		 475 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.669505  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5032  hemolysin-type calcium-binding region  43.27 
 
 		 387 aa  99.4  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.867375 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1795  Allergen V5/Tpx-1 family protein  39.47 
 
 		 421 aa  99.4  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.797719 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2776  hemolysin-type calcium-binding toxin  35.66 
 
 		 280 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784877 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4091  hemolysin-type calcium-binding region  36.16 
 
 		 313 aa  99  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402698 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  37.91 
 
 		 3954 aa  99  6e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0997  hypothetical protein  43.31 
 
 		 582 aa  99  6e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0263  hypothetical protein  38.95 
 
 		 742 aa  98.6  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0991  hypothetical protein  42.6 
 
 		 679 aa  98.6  8e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0627  peptidase M10, serralysin-like protein  40.7 
 
 		 606 aa  98.6  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06445  bifunctional hemolysin-adenylate cyclase  39.71 
 
 		 860 aa  97.8  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0994  hypothetical protein  42.6 
 
 		 585 aa  98.2  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1623  hypothetical protein  42.62 
 
 		 613 aa  97.8  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.54291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0793  hemolysin-type calcium-binding region  41.88 
 
 		 795 aa  97.1  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.873812  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06446  hypothetical protein  41.62 
 
 		 959 aa  97.1  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2591  cadherin  38.89 
 
 		 2145 aa  97.4  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.213456 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  36.93 
 
 		 3209 aa  96.7  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1599  hemolysin-type calcium-binding region  39.89 
 
 		 303 aa  95.9  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0042965  normal  0.464742 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2570  hemolysin-type calcium-binding region  38.78 
 
 		 361 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.804479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0513  hypothetical protein  33.98 
 
 		 475 aa  95.5  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2793  Hemolysin-type calcium-binding region  38.78 
 
 		 361 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0234899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.16 
 
 		 2678 aa  95.1  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  35 
 
 		 1883 aa  94.4  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  41.1 
 
 		 1532 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3539  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  33.45 
 
 		 556 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223263  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1981  hemolysin-type calcium-binding region  39.34 
 
 		 734 aa  94  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5060  hemolysin-type calcium-binding region  39.69 
 
 		 396 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0162  Hemolysin-type calcium-binding protein  35.86 
 
 		 833 aa  94  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0274  Hemolysin-type calcium-binding region  43.15 
 
 		 232 aa  94.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  34.83 
 
 		 824 aa  93.6  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>