More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1466 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1466  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 193 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4265  AraC family transcriptional regulator  92.71 
 
 		 254 aa  280  8.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.828817  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  38.17 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  37.11 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 268 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 284 aa  98.2  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 273 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 262 aa  95.9  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  35.57 
 
 		 265 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 265 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  95.1  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 278 aa  94.7  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 272 aa  94.4  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 278 aa  94  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 269 aa  94  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 272 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 272 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 266 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 272 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 266 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 264 aa  93.2  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 273 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 273 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  29.63 
 
 		 273 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 263 aa  92.8  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 272 aa  91.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 261 aa  90.5  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 269 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 		 260 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 276 aa  89.4  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 262 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 273 aa  89  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 272 aa  89  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 273 aa  89  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 273 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 263 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 261 aa  87  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 265 aa  86.3  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  33.16 
 
 		 273 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 269 aa  85.5  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 263 aa  85.5  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001495  transcriptional regulator AraC family protein  30.65 
 
 		 264 aa  84.7  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12324  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1490  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 197 aa  84  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107689  normal  0.0449823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  41.86 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 264 aa  82.8  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  35.57 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 272 aa  82  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0283  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 246 aa  81.6  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 274 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 267 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4458  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 249 aa  81.6  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 262 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1019  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 257 aa  81.6  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.477846  normal  0.675465 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 257 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 257 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0628  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458217  hitchhiker  0.000431435 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  33.51 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3229  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 268 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0822479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2750  putative transcriptional regulator  35.9 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  34.54 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  32.83 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5572  transcriptional regulator, AraC family  38.62 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  32.98 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  35.98 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  32.47 
 
 		 267 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 271 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 271 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 271 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 275 aa  78.2  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 261 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50040  transcriptional regulator  32.82 
 
 		 259 aa  77.8  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.101345  normal  0.0268029 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1128  AraC family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2692  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  33.51 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  32.14 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 273 aa  77  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  25.64 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1923  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2853  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1868  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.598218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2110  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0650904 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2466  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 306 aa  75.1  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>