More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG2156 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
248 aa  506  9.999999999999999e-143  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.22 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  38.91 
 
 
235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  40.33 
 
 
235 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  38.8 
 
 
239 aa  161  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.97 
 
 
235 aa  161  9e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.97 
 
 
234 aa  157  1e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  38.17 
 
 
234 aa  156  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  36.1 
 
 
234 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  38.91 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.71 
 
 
247 aa  108  8.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  31.58 
 
 
248 aa  100  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5277  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.6 
 
 
244 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.33 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 
241 aa  97.1  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.85 
 
 
255 aa  96.7  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.89 
 
 
245 aa  96.3  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.99 
 
 
245 aa  96.7  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.38 
 
 
239 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
244 aa  93.6  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.43 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.82 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.43 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.43 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.53 
 
 
263 aa  92.8  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.52 
 
 
239 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
239 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
257 aa  92  8e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  30.8 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  29.03 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.73 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  28.74 
 
 
246 aa  90.1  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.3 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
243 aa  89.4  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  30.96 
 
 
230 aa  89.7  4e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.45 
 
 
248 aa  89.4  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.56 
 
 
246 aa  88.6  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.52 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  30.24 
 
 
245 aa  87.8  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.61 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.99 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0207  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.16 
 
 
260 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.18 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.86 
 
 
244 aa  86.7  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
244 aa  86.7  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
248 aa  86.3  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.61 
 
 
243 aa  85.9  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  29.2 
 
 
245 aa  85.5  7e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  28.09 
 
 
248 aa  85.1  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  31.63 
 
 
250 aa  84.3  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  29.34 
 
 
249 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  27.6 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  28.4 
 
 
249 aa  84  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.2 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.2 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.2 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0248  protein of unknown function DUF558  28.91 
 
 
253 aa  83.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  29.37 
 
 
243 aa  83.6  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  30.17 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.58 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
244 aa  82.8  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.45 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.48 
 
 
245 aa  82.4  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  30.21 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  30.57 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.8 
 
 
243 aa  82  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.21 
 
 
247 aa  82  0.000000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  25.62 
 
 
247 aa  82  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 
242 aa  82  0.000000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
251 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.69 
 
 
251 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
259 aa  82  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
259 aa  82  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  30 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  30 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  30.56 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  30 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4078  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.84 
 
 
250 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.708574  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.7 
 
 
240 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.61 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  29.8 
 
 
249 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  29.32 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.89 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.28 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>