More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_13143 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  100 
 
 
235 aa  489  1e-137  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.56 
 
 
235 aa  256  3e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.95 
 
 
246 aa  235  4e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  43.17 
 
 
234 aa  188  8e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  39.66 
 
 
239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  38.6 
 
 
234 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.91 
 
 
248 aa  162  3e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.79 
 
 
234 aa  153  2e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  34.94 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.11 
 
 
248 aa  121  9e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  32.6 
 
 
239 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.45 
 
 
248 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  29.82 
 
 
242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.15 
 
 
245 aa  107  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.72 
 
 
243 aa  106  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
241 aa  105  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
247 aa  105  9e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.51 
 
 
247 aa  103  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.51 
 
 
248 aa  103  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.76 
 
 
257 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.27 
 
 
246 aa  98.2  8e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.43 
 
 
244 aa  95.5  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  29.86 
 
 
244 aa  95.5  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.45 
 
 
226 aa  92  7e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.33 
 
 
243 aa  92  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  25.7 
 
 
248 aa  92  8e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.19 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.28 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.41 
 
 
255 aa  90.5  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.78 
 
 
242 aa  90.9  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.24 
 
 
260 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  27.93 
 
 
242 aa  90.1  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.28 
 
 
243 aa  89  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  29.54 
 
 
251 aa  89.4  5e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
243 aa  89  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.28 
 
 
239 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  32.61 
 
 
242 aa  88.6  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.45 
 
 
243 aa  88.6  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  27.27 
 
 
244 aa  88.6  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  88.6  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
243 aa  88.6  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.33 
 
 
239 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
244 aa  88.6  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  27.16 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  27.16 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  27.16 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  25.91 
 
 
245 aa  87.8  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
246 aa  87.8  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.41 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.75 
 
 
259 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.75 
 
 
259 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
240 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  25 
 
 
249 aa  87.4  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.39 
 
 
243 aa  87  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  26.52 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
254 aa  87.4  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.93 
 
 
240 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  32.02 
 
 
243 aa  86.7  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.92 
 
 
245 aa  86.7  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.41 
 
 
239 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.34 
 
 
259 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.34 
 
 
259 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.34 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
243 aa  85.5  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  29.31 
 
 
244 aa  85.5  7e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.83 
 
 
239 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 
247 aa  85.1  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
244 aa  85.1  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  27.73 
 
 
247 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_6230  predicted protein  28.46 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
243 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.63 
 
 
241 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.63 
 
 
251 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.44 
 
 
249 aa  84  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.05 
 
 
249 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.69 
 
 
244 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.12 
 
 
244 aa  83.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.28 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  30.51 
 
 
245 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  22.88 
 
 
249 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  29.39 
 
 
242 aa  82.8  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.48 
 
 
243 aa  82.4  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  26.83 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.78 
 
 
239 aa  82.4  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>